重要生态功能区是指在涵养水源、保持水土、调蓄洪水、保护生态多样性方面具有重要作用的区域。吴中区是苏州市重要生态功能区面积最大，类型最多的区域。其重要生态功能区是苏州市维系生态安全体系的重要组成部分和赖以生存的生态基础，更是实现区域经济与社会可持续发展的重要保障。吴中区重要生态功能区保护研究，不仅是生态环境建设的基础，更是维护苏州市生态安全的需要。本文采用生态服务功能综合评价的方法，在原有的重要生态功能区划分基础上，对吴中区主要生态功能区进行了优化。运用层次分析法，建立了生态功能评价指标，并组合成为组合权重对指标进行赋权，对生态功能区进行生态功能综合评价。主要研究成果如下：（1）吴中区主要的生态服务功能属非常重要的等级，全区生态系统或物种占全省物种数量比率>30%，属于极重要地区；饮用水源、水源涵养功能，属于极重要地区；土壤保持重要性分级属于极重要地区。（2）经过调整后，吴中区主要的生态功能保护区区域类型有9类。重要生态功能保护区有18个，重要生态功能保护区区域总面积1941.287km2，其中禁止开发区面积10.09km2，限制开发区面积1931.197km2。（3）吴中区重要生态功能区的综合评价指数CEI等于0.63，属于生态环境质量中等的区域。（4）吴中区保护重要生态功能区的优势条件是：具有良好的生态保护基础；具有优越的自然风光条件；具有良好的生态文化基础；具有和谐的环境发展态势；具有扎实的产业经济基础。而制约因素是：经济发展和生态保护还不够协调，农村经济发展缓慢影响生态功能区保护；）生态敏感性增加环保难度，资源稀缺性制约生态经济建设；生态功能区环境管理的基础条件不够完善。