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微卫星是分析种群遗传多样性、鉴别亲子关系最主要的DNA分子标记。驴的品种种类繁多,利用微卫星研究驴群的遗传多样性、确定子代与父本间的亲缘关系,可以帮助我们对其进行遗传资源保护或人工选育。在以往的研究中,人们利用马的微卫星荧光多重PCR体系研究驴的群体结构或鉴定驴的亲缘关系,由于用于鉴定的微卫星位点不合适、引物特异性差以及扩增效率低,常存在基因分型困难的问题。2017年,国际动物遗传学协会（ISAG）推荐13个双核苷酸微卫星位点（AHT4、ASB23、HMS2、HMS3、HMS6、HMS7、HMS18、HTG7、HTG10、TKY297、TKY312、TKY337和TKY343）,用于驴的个体识别和亲子鉴定研究。到目前为止,还没有研究构建出一组包含这13个核心位点的多重PCR体系。本研究通过重新设计部分微卫星位点的引物、反复试验优化多重PCR的反应体系和反应条件,构建一组驴的微卫星13重PCR体系,包含ISAG推荐的13个微卫星位点。（1）本研究使用低成本的扩增酶可以高效地在一个PCR反应中扩增全部的微卫星位点,优化后的PCR反应体系缩减为15μL、PCR反应时间缩短为73 min。荧光标记引物的应用使扩增产物的测序变得快速、简单。（2）本研究检测了该多重PCR体系的灵敏度,仅使用5 ng的驴样本DNA为模板,便可获得完整准确的基因分型图谱。（3）通过检测该多重PCR体系的物种特异性,发现以13个物种的基因组DNA为模板无法得到完整的基因分型图谱。（4）本研究提供了首个驴的等位基因分型表和Stutter分析结果,有助于研究人员揭示准确的基因型。（5）以150头驴为样本,计算群体统计学参数,分析发现多数位点的杂合度与多态信息含量很高,该多重PCR体系的CPEtrio可达到0.999665018,表明该多重PCR体系具有研究驴的遗传多样性及鉴定亲子关系的能力。试验结果表明,本研究开发的微卫星13重PCR体系,是一种快速、高效、灵敏度高、物种特异性好、准确可靠的检测手段,适用于驴的群体遗传分析、个体识别以及亲子鉴定,同时具有法医应用潜力。