随着中国市场经济的快速发展,财政预算拨款机制和社会对高层次专门人才的需求使得高等教育事业规模步入快速发展的阶段。同时,高校财务管理面临更加复杂的局面。保持良好的财务状况和一定发展潜力,是高等学校持续稳定发展的必要条件。正确评价高等学校的财务运行绩效对于如何多元化筹集资金,合理分配办学资金,提高财务管理水平,提升高等学校的内涵建设并使其能够长期持续发展起到了重要的作用。在国内外对绩效理论研究的基础上,阐述了高等学校财务运行绩效评价指标体系的理论基础和设立原则,探索建立一个比较统一、相对可以比较的高等学校财务运行绩效评价指标体系。其中对每一个分指标的用途进行系统的阐述。本文运用高等学校财务运行绩效评价指标体系,结合财务管理、会计学、统计学等专业知识,辅助雷达分析方法,针对南京YD大学进行了财务运行绩效评价案例分析,通过近三年财务数据动态分析,发现其办学过程中财务管理存在的问题,结合该校的财务实际状况对财务绩效评价中发现的问题提出相应的对策和改进措施。