伤寒沙门菌非编码RNA AsrH验证与表型研究

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目的:近来,本研究组通过对伤寒沙门菌(Salmonella enterica serovar Typhi,S.Typhi)转录组的分析,新发现了很多非编码RNA(non-coding RNA,nc RNA),其中有一可能为rpo H基因对侧编码的nc RNA,称为Asr H,本论文拟进行Asr H表达鉴定和分子特性分析,观察其在S.Typhi中的作用。方法:1.Asr H的鉴定:通过Northern Blot证实Asr H在S.Typhi中的存在性,并通过Northern Blot和q RT-PCR观察其生长时相的表达特性。2.Asr H的分子全长鉴定:通过5′RACE、Tiling PCR来找出Asr H的转录起始点、可能的转录终止点,测出Asr H分子的大概全长。3.基因缺陷变异株的制备:通过自杀质粒p GMB151介导构建S.Typhi asr H基因启动子缺陷变异株。4.asr H变异株的半定量验证:用RT-PCR分析S.Typhi野生株(简称“WT”)和asr H变异株中asr H和rpo H的表达情况。5.生长曲线测定:描制生长曲线,观察WT、asr H基因启动子缺陷株在四种不同环境下(等渗、高渗应激、氧应激、酸应激)时的生存情况。6.动力试验:半固体动力培养板(0.3%)上培养细菌,观察比较asr H启动子缺陷变异株、WT的动力情况。7.生物膜形成试验:生物膜结晶紫染色观察asr H启动子缺陷变异株、WT的生物膜形成情况。结果:1.Northern blot与q RT-PCR表明Asr H在S.Typhi中确实存在,而且在生长对数晚期(OD600=1.2)的时候表达量最高。2.经过5′RACE和Tiling PCR分析,推断Asr H分子全长在846bp-1007bp之间,转录起始点位于rpo H基因终止码下游119bp,转录方向相反,能覆盖大部分的rpo H基因编码区,中间没有完整的ORF结构,因此Asr H为一长非编码RNA。3.自杀质粒p GMB151介导敲制asr H基因启动子区域缺失120bp的变异株。4.在asr H缺陷株中asr H基因不表达,rpo H基因正常表达。在WT中asr H和rpo H基因两者都表达。5.生长曲线显示,在一定时间内,与WT相比,酸、高渗应激下asr H缺陷株的生存能力显著降低,而在氧应激下则相反。6.动力试验显示,与WT相比,asr H启动子缺陷株的动力几乎完全丧失。7.生物膜显示,asr H启动子缺陷株生物膜形成能力强于WT。结论:证实了nc RNA Asr H在S.Typhi中的存在表达,Asr H分子大概全长在846bp-1007bp之间。Asr H能影响S.Typhi在应激环境下的生存能力,且对细菌的动力至关重要,而对与生物膜的形成有抑制作用。
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