孔继菼是清代滕县地方名医，少年接受儒家教育，通过科举考试考取功名举人。后因祖母患病卧床缠绵不愈，转研中医经典著作，别有神悟，临证济世，每获奇效，遂以神医闻名。传世《孔氏医案》计四卷八十四案，具有很高的中医理论和临床指导价值。但该书版本少，传播面不足，受惠者不多，鉴于此研究之。本文采用了文献研究的方法，通过研究与摘录《孔氏医案》的主要内容，加以分析，探索梳理孔继菼的医学学术思想。孔继菼在《孔氏医案》中收录了相似病例、特殊病例、用药得失、误诊误治的案例，同时在案中表述其医学观点。他的医学思想立足于《内经》、《难经》、《伤寒论》、《金匮要略》等著作的经典中医理论，重视中医经典的基础作用与临床价值，案中写明理论出处，具有很高的经典文献价值。在诊断方面，孔氏尤重视脉诊，提出精微的脉诊鉴别诊断观点，强调临证脉、症、色合参。他案中寓法，师古不泥，择善而从，创新中医基础理论和临床服药方法，在一定程度上丰富和发展了中医理论。他立足临床、实践中创新的学术风格，诚为中医专业学习研究的典范。