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鲢(Hypophthalmichthys molitrix)作为我国“四大家鱼”之一,是我国重要的淡水养殖种类,长江及其附属湖泊是鲢的重要种质资源库,其养殖性状优于其他水体。然而由于长期的过度捕捞、环境污染、江湖阻隔、水利水电工程等原因使得长江鲢野生群体资源量下降,因此有必要对长江流域鲢种质资源进行分析评估。分析长江和赣江鲢群体遗传结构及遗传分化,对保护鲢种质资源至关重要。本文利用微卫星分子标记和线粒体D-loop序列分析长江、鄱阳湖、赣江鲢群体的遗传多样性、遗传结构以及遗传分化程度,以期为鲢种质资源的保护和利用提供依据。利用9对高度多态的微卫星标记对采自长江彭泽、新滩口江段、鄱阳湖湖口、余干、永修、波阳水域,以及赣江赣州和新干江段的314尾、8个鲢野生群体的遗传结构进行分析。共检测到125个等位基因,每个位点等位基因数6~26,平均观测杂合度Ho为0.766~0.846,平均期望杂合度He为0.813~0.833,表明这8个鲢群体遗传多样性较高。群体间的遗传相似系数为0.8986~0.9771,遗传距离为0.0231~0.1069,固定系数Fst值为-0.0070~0.0272,AMOVA结果显示遗传变异主要来自群体内,群体内的遗传变异占99.51%,而群体间的遗传变异仅占0.49%,表明群体间遗传一致性高,遗传距离小,遗传分化不显著。微卫星亲缘关系分析结果显示:概率在50%以上,长江与鄱阳湖鲢群体之间为半同胞关系的个体占整体的16.60%,赣江与鄱阳湖鲢群体之间具有半同胞关系的个体占14.57%,长江与赣江鲢群体之间具有半同胞关系的占8.70%。基因流结果显示,长江与鄱阳湖群体平均基因流大小15.4997,赣江与鄱阳湖群体之间平均基因流大小14.4903,长江与赣江群体平均基因流大小17.6135。由此表明,长江和赣江鲢繁殖群体均可进入鄱阳湖成为鄱阳湖鲢的补充群体,长江和赣江鲢群体能够通过鄱阳湖通道进行频繁的基因交流。对采自长江、鄱阳湖、赣江180尾鲢的线粒体D-loop区序列进行测序分析,共检测到47个单倍型,平均单倍型多样性指数h为0.9137,核苷酸多样性指数Pi为0.016092,同样表明鲢群体遗传多样性水平较高,种群稳定,进化历史悠久。长江、鄱阳湖、赣江三个水域群体间遗传分化值为0.02325,群体内遗传分化值为0.01775,遗传分化均不显著。基因流Nm值为18.23。AMOVA结果显示,群体内遗传变异占98.22%,长江、赣江、鄱阳湖三个水域群体间的遗传变异仅占2.33%,表明的遗传变异主要来自群体内,三个水域鲢群体间遗传分化不显著。综合微卫星标记和线粒体D-loop序列分析结果表明,长江、赣江、鄱阳湖鲢群体均具有较高的遗传多样性水平。鄱阳湖鲢群体来自长江和赣江繁殖群体,长江、赣江鲢群体可以通过鄱阳湖通道进行基因交流,长江和赣江鲢群体间遗传分化不显著。