绿色创新能力不足和运行效率不高是我国区域绿色发展进程中的两大难题,如何基于绿色发展构建良好的区域创新生态系统是解决两大难题的重要路径。故而,本文旨在研究在绿色发展的引导下,如何构建良好的区域创新生态系统进行绿色创新,提升区域绿色创新能力及运行效率。首先,本文通过已有文献回顾了国内外绿色发展、区域创新生态系统、创新生态系统运行效率的研究现状,并介绍文章应用到的三大基础理论和三大基本模型。然后从生态学视角分析系统的概念、特征、功能及生态性,明确系统参与主体,从而构建基于绿色发展的区域创新生态系统模型,并研究系统的内外部作用关系,探究其从形成到运行的的作用机理。最后基于系统结构及作用机理分析,选取省级区域构建30个基于绿色发展的区域创新生态系统,运用Super-SBM和Malmquist指数模型分别从静态和动态两个方面研究其运行效率,并按照地理位置将30个系统分成七大区域进行对比分析,再运用Tobit回归分析方法从环境规制、经济开放、技术市场、能源消耗、产业结构、文化教育六个方面研究系统运行效率的影响因素,然后结合我国各区域基本情况对如何改善及优化绿色创新资源配置、提高系统运行效率提出了政策建议,以期为提高我国区域绿色创新能力和运行效率提供理论指导和实践借鉴。