两株边界极端嗜盐菌产四氢嘧啶研究及其基因组分析

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本文对分离自吉兰泰盐湖土壤的28株嗜盐放线菌进行了耐盐梯度试验,根据嗜盐微生物的分类标准,对其进行了初步分类。结果显示,28株菌中边界极端嗜盐菌有2株(JG5、JG9),中度嗜盐菌17株,弱嗜盐菌6株,非嗜盐菌3株。对两株边界极端嗜盐菌JG5、JG9进行培养特征观察和生物学特性研究,并对它们进行了基于16S rRNA基因序列的系统发育分析,结果显示两株边界极端嗜盐菌JG5和JG9皆属于链霉菌属Streptomyces,并且两者的同源关系及其相近。利用四氢嘧啶基因簇中最为保守的ectB基因,合成简并引物,对28株嗜盐菌进行了PCR扩增,筛选含有四氢嘧啶基因簇的菌株。对筛选得到的含有四氢嘧啶基因簇的菌株,通过TSB培养基发酵培养,用80%乙醇法对胞内四氢嘧啶进行了抽提,并利用薄层层析定性检测菌株胞内四氢嘧啶存在情况,从而了解不同菌株中四氢嘧啶基因簇的表达情况。结果表明,28株嗜盐菌中,有17株含有四氢嘧啶基因簇。薄层层析结果显示,17株菌株中,有11株可产四氢嘧啶。对两株边界极端嗜盐菌,利用高效液相色谱法,定量检测了它们在不同NaCl浓度下(0%、5%、10%、15%等不同质量体积比)的胞内四氢嘧啶积累量。高效液相结果显示,两株边界极端嗜盐菌在实验设计的不同NaCl浓度下,均能产生胞内四氢嘧啶。NaCl浓度为10%时,JG5胞内四氢嘧啶积累量有最大值,为80.35mg/L,JG9在NaCl浓度为5%时达到最大值,为97.89mg/L。利用Illumina PE150测序平台,对两株边界极端嗜盐菌进行了基因组测序。分析基因组得知,菌株JG5基因组大小为8373014bp,GC含量72.44%,预测得到7143个编码基因和89个非编码基因;菌株JG9基因组大小为8273778bp,GC含量为72.54%,预测得到编码基因7073个,非编码基因93个。对两株菌基因进行多种功能注释和antiSMASH在线分析,得知两者含有包括四氢嘧啶基因簇在内的数量丰富的次级代谢基因簇,JG5共预测得46个,JG9含有43个,说明两个菌株的次级代谢产物比较丰富,开发价值和利用价值较高。
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