急性髓系白血病关键组蛋白修饰和DNA甲基化对基因表达的影响

来源 :内蒙古大学 | 被引量 : 0次 | 上传用户:xie2372
下载到本地 , 更方便阅读
声明 : 本文档内容版权归属内容提供方 , 如果您对本文有版权争议 , 可与客服联系进行内容授权或下架
论文部分内容阅读
急性髓系白血病(Acute Myelogenous Leukemia,AML)又称血癌,在造血系统的恶性肿瘤疾病中最常见,并且在成人群体中最常见类型为急性髓系白血病。随着测序技术的发展以及数据的量变以及开放,越来越多的研究表明,表观遗传修饰的异常变化会直接或间接抑制或沉默基因表达,包括组蛋白修饰和DNA甲基化等修饰,并且急性髓细胞白血病在表观遗传方面也有了一定的研究,并且在临床治疗取得肯定的疗效。急性髓细胞白血病主要治疗手段包括强化化疗和干细胞移植等,由于它具有高异质性和容易复发的特点,导致AML患者预后性较差。因此,探究重要的组蛋白修饰和DNA甲基化与AML患者预后的关联,分析它们的异常变化对急性髓系白血病的预后影响,有助于为急性髓系白血病的治疗提供新的线索。首先从TCGA、ENCODE和GEO数据库下载所需数据,包括基因表达、组蛋白修饰、DNA甲基化和临床数据,针对401个差异表达基因进行富集分析,发现大多数可信功能(P<0.05)与免疫过程有关。进一步利用加权共表达网络对差异表达基因分析,依照基因相似表达程度聚类成15个模块,结合临床特征分析得到两个重要模块,对模块中的基因利用基因显著度寻找与AML相关性基因,严格条件下筛得6个基因。K-M生存分析显示,两个基因ITGAM和TLR4的低表达水平可能影响急性髓系白血病患者的生存率。其次,将下载的11种组蛋白修饰数据,在参考基因范围内计算TSS上下游3000bp的组蛋白修饰信号水平,利用信号水平对比组蛋白修饰在K562细胞系和GM12878细胞系中的分布,并关注peaks主要着落在基因组的哪些区域。显著差异peaks注释的关联基因组结果显示,两个细胞系的显著peaks主要位于启动子、内含子和基因间区三个基因组区域,且H3K4me2和H3K27me3可以作为AML诊断的检测指标。进一步利用Spearman相关性系数权衡细胞系内组蛋白修饰之间以及与基因表达之间的相关性,发现大多数组蛋白修饰之间不是单个发挥作用,它们之间有着强联系性,并对基因表达水平存在促进或抑制作用,在K562癌细胞系表现尤为明显。最后,针对差异表达基因与差异甲基化基因相关性强度|r>0.3|的甲基化基因构建多因素Cox预后模型,探究DNA甲基化对AML患者的预后影响。使用受试者工作特征ROC曲线评估结果,曲线下面积(0.86)达到0.8以上,表明模型具有一定的预后价值。根据模型对患者的评估打分,将AML患者划分为高、低风险两组,K-M生存分析显示,两组的生存率具有一定生物意义(P<0.0001),并且在不同的临床特征下验证都具有较好的适用性。
其他文献
氧化锌(ZnO)是一种宽禁带半导体,在室温下,它的带隙为3.37e V,激子的束缚能为60 me V,能够实现激子发射。由于它的电学和光学性能较为独特,这使得ZnO在低压和短波(蓝光、紫外、绿光)的光电设备中具有广泛的应用前景。在ZnO材料中掺入一些金属材料,就可以改善其缺陷态,进一步提高其光、电、磁、光催化等领域的应用,在众多掺杂金属离子中,稀土离子是一种很好的掺杂候选物,不仅可以调节半导体的结
学位
纤锌矿InGaN/GaN核壳纳米线太阳能电池利用纳米线的大表面积体积比以及InGaN材料从0.64~3.43 eV随组分连续可调、可几乎覆盖全部太阳光谱的直接带隙,获得高光电转化效率.理论模拟中通常以体材料的带边作为电池内量子效率估算的依据,未能计入GaN势垒的量子束缚使InGaN层的载流子能量呈分立态且随In组分和纳米线尺寸变化.本论文采用黑体近似和细致平衡理论,计入纳米线的量子束缚效应以及载流
学位
<正>1项目概况河南省洛阳正骨医院(河南省骨科医院)是一所集医疗、教学、科研、产业、文化于一体的三级甲等中医骨伤专科医院,目前已形成“一院、两地、五址”的发展格局。河南省洛阳正骨医院郑州院区总用地面积约为88 000 m~2,分为南、北两个院区:南区一期工程已建成,包括门诊医技病房综合楼、行政后勤综合楼,总建筑面积为124 000 m~2;
期刊
肌肉收缩的动力源自肌肉肌球蛋白II。在肌球蛋白II工作循环中,化学能转化为机械能的过程称为动力冲程。传统的动力冲程概念认为动力冲程发生在肌球蛋白与肌动蛋白丝形成强结合态之后,其动力冲程为定值。然而,各种肌球蛋白单分子实验所测出的动力冲程值并不相同,传统理论与实验存在矛盾。针对这一问题,内蒙古大学生物物理学科组提出一个新的肌球蛋白II工作循环机械化学偶联模型,认为动力冲程发生在弱结合态到强结合态的过
学位
电子从满价带跃迁到导带并与价带中的空穴由库仑相互作用组成的准粒子称为激子。作为影响材料低能量光吸收的主要原因,激子效应在具有弱介电屏蔽的二维材料中的作用被放大,人们发现这种增强的激子效应在新型光电器件中有很大的应用前景。基于这一背景,一系列二维材料,如过渡金属硫族化合物,铁磁材料Cr X3(X=I或Br)及六角氮化硼等材料中的激子效应得到广泛关注。本文以密度泛函理论为基础,结合多体格林函数理论(G
学位
随着人们对绿色能源的需求越来越高,太阳能成了近几年的热点话题之一。在光能和电能转换的过程中,载流子热化会对光电转换效率有很大的影响,因此如何提高材料的光电转换效率值得我们深入探究。如果载流子在弛豫到达带边之前就转换成大量的电能,光伏材料的性能就会提高很多。因此,通过研究材料的电-声子相互作用得到载流子的弛豫时间,有助于我们找到性质优良的光伏器件。总的来说,对半导体材料的电-声子相互作用进行研究是非
学位
由于量子效应和大表面积体积比,半导体纳米线有潜力成为下一代高光电转化效率的光电器件元件,例如激光器和发光二极管等.光吸收是实现光电转化的重要过程.光吸收性质测量也是表征材料能带结构的重要手段.理论上研究半导体纳米线多采用轴对称的圆柱型模型,然而实验制备的纳米线则常为棱柱型.实验发现不同截面纳米线器件的光电性质有显著差异.本工作讨论截面形状对核壳结构纳米线电子态以及光吸收跃迁性质的影响.本文采用有效
学位
利用低维纳米材料中存在的量子限制效应,研究人员创造出了性能显著的一系列光电子器件。在研究光电子器件和光伏材料的性能时,激子的形成、分离和复合是必须要考虑的。本论文利用多体微扰理论和Bethe-Salpeter方程,研究了几种碳纳米材料的电子能带结构和包含激子效应的光性质。具体内容包括以下几个部分:(1)手性石墨烯纳米带(CGNRs)中的激子态。研究结果表明对于(2,1)、(3,1)、(4,1)、(
学位
<正>梅州市位于广东省东北部,是全球最具代表性的客家人聚居地之一,被誉为“世界客都”,也是叶剑英元帅的故乡、著名革命老区、海峡两岸交流基地。该城市有“国家历史文化名城”“中国美丽山水城市”等美誉,是当之无愧的华侨之乡。梅州市人民医院(简称“梅医”)创建于1896年,是中国历史最悠久的西医医院之一,其前身是瑞士巴色差会创办的德济医院。建成之初,医院只有一间小房子,历经120多年的发展,
期刊
TiN具有较高的硬度和耐磨性、低电阻率以及耐腐蚀性等优势,在切削涂层、新型陶瓷、航天器件、医用材料等方面应用较广。随着现代工业发展,需要TiN薄膜具备更高,更均衡的性能来满足当前工业应用的所有要求。通过掺杂第三种元素是提高TiN薄膜性能的一种途径,稀土元素由于其较高的活性和较大的原子半径,在薄膜中掺杂稀土元素是提升材料性能的有效方式。然而稀土元素掺杂TiN薄膜的改性研究较少。本文研究了Ce和Yb两
学位