新型农村合作医疗保险作为我国社会医疗保险乃至社会保障体系中的重要组成部分，在缓解广大农民“看病难、看病贵”问题、改善“因病致贫”和“因病返贫”状况、发挥基本医保的基础性作用等方面有重大意义。试点、开展以及推广至今近十年时间，新农合已基本实现全覆盖的短期目标，参合率接近100%。然而，随着其快速发展，针对新农合基金的欺诈问题亦非常突出，欺诈大案时有发生，基金流失严重。因此，如何保障被农民视为“救命钱”的新农合基金的安全就显得尤为重要。研究欺诈问题，制度本身不可忽视。本文从新农合制度本身的基金支付方式出发，试图剖析不同基金支付方式对欺诈问题的影响和激励，运用经济学中成本收入利润工具探讨支付方式与基金欺诈的内在机理，并从欺诈风险、欺诈主体和欺诈方式三个维度系统比较四种支付方式在防范基金欺诈上的优劣性，最终得出按项目付费易引发医疗机构方道德风险和诱导需求；按人头付费下重复挂靠、异地挂靠等增加人头数目的现象严重；按病种付费下医疗机构以及医患合谋在疾病分类等级上操作空间大；而总额预算制能有计划地将医疗费用控制在预算范围内，把基金欺诈风险转移给医疗机构，是一种相对较优的支付方式。在前文研究基础上，结合我国新农合制度现实环境，本文最后提出了要加快支付方式向总额预算制转向，实行定点医疗机构市场化竞争机制，建立预算总额谈判机制，规范基金报销程序，以及提高现代信息技术对新农合支撑力五个方面的反欺诈措施建议。