本文以魁蚶(Scapharca broughtonii)为实验材料，采用磁珠富集法构建魁蚶微卫星序列基因组文库，经过优化PCR反应筛选分离出48对扩增条带清晰稳定，多态性较高的微卫星标记。选取其中20对引物分析了魁蚶的4个地理群体（日照、蓬莱、黄岛、韩国）间的遗传多样性、遗传分化及遗传距离等。论文的主要研究结果如下：1.利用磁珠富集法筛选魁蚶微卫星标记，并对所得标记进行了分析。通过MspⅠ酶切魁蚶基因组DNA，收集400-1200bp的片段，通过生物素标记的寡核苷酸探针(AC)15、(AG)15捕捉含有微卫星序列的DNA片段，然后连接到pMD18-T载体中，转化至TOP10大肠杆菌中，构建魁蚶微卫星序列富集文库。随机选取890个菌落，经菌落PCR检测阳性克隆，筛选出295个阳性克隆进行测序，结果208个含有微卫星序列。其中完美型147个，占70.7%，非完美型35个，占16.8%，混合型26个，占12.5%。重复次数5~31次，重复单元以AG、AC为主。利用软件共设计出140对微卫星引物，其中能扩增出稳定条带的102对，表现为多态性的48对。利用30个魁蚶对筛选出的48个微卫星标记进行多态性分析和遗传信息的评价，共获得了375个等位基因，不同位点获得的等位基因数目从2～14个不等，平均每个位点获得7.8个等位基因。观测杂合度、期望杂合度及多态信息含量(PIC)的范围分别是0.1034~0.9655，0.1831~0.9208，0.1638~0.8946，结果表明所筛选的微卫星标记大部分具有较高的多态性。2.从筛选的48对多态性标记中选取20对微卫星引物，对中国日照、蓬莱、黄岛和韩国的4个魁蚶群体进行遗传多样性分析。共扩增得到196个等位基因，不同引物等位基因数为5～17，平均等位基因数为9.8，平均有效等位基因数为7.3540。计算各位点的多态信息含量（PIC），20个位点在4个群体中PIC值介于0.6720~0.9224之间，平均值为0.8357，均大于0.5，呈高度多态性，表明各位点在魁蚶群体中均表现出高的遗传多样性水平，所选微卫星引物可以用于群体间的遗传关系鉴定。各群体平均观测杂合度(Ho)范围在0.7039~0.8265之间，平均期望杂合度(He)范围在为0.8333~0.8524之间；20个位点在4个群体中反应的杂合度有所差异，位点KH-42、KH-43在群体中的观测杂合度最高，为0.8974，位点KH-26在群体中的观测杂合度最低，为0.5741。位点KH-26在各群体中均显著或极显著偏离Hardy-Weinberg平衡，除部分位点分别在不同群体中出现显著或极显著偏离外，其余位点均符合HW平衡。群体间遗传分化指数Fst在0.0132~0.0314之间，黄岛-韩国群体分化最大(0.0314)，日照-黄岛群体分化最小(0.0132)。4个群体的遗传分化指数均小于0.05，表明各群体间的遗传分化为低度分化。通过计算遗传相似性指数和遗传距离表明，魁蚶4个群体间遗传相似性指数为0.7821~0.8820，遗传距离为0.1255~0.2458。其中，日照群体和黄岛群体遗传相似性指数最高，为0.8820，遗传距离最近，为0.1255;黄岛群体和韩国群体遗传相似性指数最低，为0.7821，遗传距离最远，为0.2458。基于群体间遗传距离构建UPGMA聚类分析树，显示日照群体和黄岛群体最先聚类，两群体间亲缘关系最近，再与蓬莱群体聚类，最后与韩国群体聚类，说明中国群体与韩国群体亲缘关系较远。本研究开发的微卫星标记及群体分析所得数据为后续魁蚶遗传育种、种质资源保护、种群遗传多样性、遗传连锁图谱的构建和QTL定位等研究工作提供基础资料，为最终实现魁蚶的分子标记辅助育种奠定了一定的基础。