中小企业板的上市是构筑多层次市场经济的必然要求，对中小企业板的研究也是制度创新的重要来源，尤其经历过经济危机后，中小企业正在探索更合理的治理模式。因此，对中小企业代理成本问题的研究应置于环境不确定性大增的背景下进行。而在财务决策中，财务弹性是衡量不确定性的首要因素。本论文拟从财务弹性的视角出发研究经济危机后中小企业的代理成本治理问题，以期为中小企业在不确定性背景下结合自身发展降低代理成本提供对策和建议。本文以2007-2011年中小板制造业上市公司为研究对象，首先用STATA10.0分析近五年中小板制造业上市公司代理成本治理的现状。其次，通过分析影响财务弹性的内外部因素，构建了衡量财务弹性指标体系并用层次分析法确定层级。再次，利用基于企业价值的随机前沿模型构建产出函数和效率函数，分别用以度量代理成本和影响代理成本的因素，并用FRONT41软件依财务弹性分组对两模型做回归分析。此外，数据显示截止2011年底，中小企业实施股权激励的比例达到了41%，然而本文发现管理层持股比例却在逐年下降。因此，文章最后修正了代理成本计量模型，重点考察了管理层持股、债务约束以及现金流对代理成本的影响，并探讨了适合当前中小企业的财务弹性水平。通过以上设计和分析，本文认为当前中小板制造上市公司的代理成本治理效果较好，治理指数达到了89.2%。目前管理层持股比例均值仅为12.4%且近五年内逐渐降低，而且管理层持股不能显著降低代理成本，仅在财务弹性较高情况下，现金流与代理成本显著正相关，此时管理层持股发挥了一定的治理效应。短期薪酬激励与代理成本显著负相关，这为当前中小企业安排股权与薪酬激励提供了有意义的参考。中小企业当前举债水平较高而且更偏向于长期负债融资，中低财务弹性有利于债务约束显著发挥代理成本治理效应。中小企业当前股权结构高度分散且能有效降低代理成本，股权集中也有较好的表现。中低财务弹性下外部竞争压力能够显著降低代理成本。综合以上分析，中小板制造业上市公司宜保持中低水平的财务弹性。本文的研究设计和结果能够为中小企业管理决策者等利益相关方提供一个评价企业财务政策的工具，并且为中小企业在不同财务弹性水平下如何降低代理成本以及保持怎样的财务弹性水平提高了有价值的参考。