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近年来，数字信号处理技术与分子生物学的结合产生了生物信息学的一个新研究领域。为了处理和分析海量的生物分子数据，数字信号处理技术，尤其是数字滤波器，无疑是一个非常合适的选择。在生物序列的位点预测这个热门领域上，目前主要应用的数字滤波器就是逆切比雪夫滤波器和IIR陷波滤波器，这两者都是IIR滤波器。蛋白质序列和DNA序列的位点预测，是通过对数值序列的频率成分选择，再由序列峰值对应出序列位置来进行的，因此相位信息对位点预测过程来说是非常重要的，任何相位误差都对预测结果造成影响。而IIR滤波器虽然容易达到较高的频率选择性能，但相位误差严重，且不易消除。 因此，本文采用一种基于LARS方法的FIR陷波滤波器，对蛋白质热点和DNA外显子这两种生物序列位点进行预测研究。这种FIR陷波滤波器频率选择性非常好，具有严格线性相位，且具有低抽头数高性能的优点，非常符合生物序列位点预测的要求。本文对LARS FIR陷波滤波器在蛋白质热点预测和DNA外显子预测中的应用分别进行了实验仿真。为了分析实验结果，还仿真了逆切比雪夫滤波器和IIR陷波滤波器在蛋白质热点和DNA预测中的应用结果。经过实验分析证明，基于LARS方法的FIR陷波滤波器，简化了蛋白质热点和DNA外显子预测系统的结构，并获得了很好的预测结果。在蛋白质热点预测方面，LARS FIR陷波滤波器的预测结果准确率达到了77％。在DNA外显子方面，更是获得了远高于另外两种滤波器的预测命中率，平均准确率约88％，同时减小了预测误差。LARS FIR陷波滤波器在生物序列位点预测中的应用，不仅改善了位点预测的预测效果，对生物学家的相关研究具有重要意义，同时还为其他生物问题的解决提供了一种新选择。