随着经济社会的高速发展，以区域为单位的公共事务逐渐的突破了传统行政辖区的划分，旧有的以科层制为主的行政区划越来越不能够回应跨区域公共事务的管理。跨区域公共事务的复杂性、多变性和区域性等特征决定了在处理跨区域公共事物过程中各行政主体的相互依赖和协调合作。我国现阶段跨区域水污染治理的行政主体是政府，而且跨区域水污染治理涉及到多个地方政府以及上级政府与下级政府之间的关系。理顺各相关政府之间的关系对于跨区域水污染的治理有着特殊的含义。介于跨区域水污染治理不再以省、市、县为界限，但又不得不面临着传统行政壁垒的阻隔，各领域学者争相提供各种跨区域水污染治理的解决途径，试图克服传统行政体制带来的行政“碎片化”和属地原则的跨区域行政合作困境，本论文将在整体性治理理论的支持下以子牙河水污染的合作治理为例，分析当下中国跨区域水污染治理存在的困境及其原因，进而探寻解决的路径和方法。　　本研究利用无缝隙政府理论、利益博弈理论和资源依赖理论等来分析子牙河水污染治理的府际合作。并试图从子牙河水污染合作治理中区域政策的制定和执行、资源结构的分配和纵向权力的调整等方面着手，详细阐述子牙河面临的困境以及整体性的解决路径。