使用RNA-Seq鉴定Rip1,Rip3,Sirt2对MLL白血病发生发展的影响

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混合谱系白血病基因(mixed lineage leukemia gene,MLL)的突变融合基因在急性髓系白血病(Acute myeloid leukemia,AML)、急性淋巴系白血病(Acute lymphoblastic leukemia,ALL)中非常普遍,预后效果差,其中MLL-AF9和MLL-ENL是发现最多的两种MLL白血病融合基因。通过文献调研和前期实验结果,我们把研究目标放在Rip1,Rip3,Sirt2三个基因上,其中,Rip1和Rip3是细胞命运选择的两个关键基因,决定了细胞走向生存或者死亡的关键通路;Sirt2是细胞去乙酰化因子,可以调节细胞基因表达。我们选择MLL-AF9,MLL-ENL融合基因诱导的小鼠白血病模型,研究Rip1,Rip3,Sirt2对于白血病发生发展的影响。我们通过前期克隆形成实验,体内移植实验发现Rip1和Rip3信号通路的抑制可以明显抑制白血病的发生发展;而且Rip1敲除相比Rip3敲除对白血病的削弱能力更加强烈;Sirt2敲除可以明显提高白血病细胞的生长。基于这些实验现象,我们希望可以回答Rip1和Rip3是如何削弱白血病的生存能力,Sirt2是如何提高白血病的生长。通过RNA-Seq的手段,可以揭示细胞内基因表达水平,了解各通路表达差异,从而为我们理解细胞行为提供依据。对MLL-AF9 WT,MLL-AF9-Rip1-/-,MLL-AF9-Rip3-/-,MLL-AF9-Sirt2-/-,MLL-ENL-WT,MLL-ENL-Sirt2-/-,6个白血病细胞系做转录组测序后我们发现,相比较Rip3敲除小鼠,Rip1敲除小鼠中,肿瘤坏死因子信号通路、负反馈细胞外凋亡信号通路、正调控造血通路、正调控骨髓细胞分化通路的表达有显著差异,提示我们敲除Rip1对于白血病的削弱能力可能是由于以上通路差异表达造成。在Sirt2敲除小鼠中,在MLL-ENL转录组中,响应激素刺激和促进细胞死亡通路的表达有明显差异,推测MLL-ENL-Sirt2-/-细胞的表型变化正是由这些通路引起。通过转录组测序的方式,为我们后续实验提供了方向,对于理解Rip1,Rip3,Sirt2在白血病发生发展中的作用有重要意义。
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