基于肠道微生物组学的原理，依照古代兽医用“粪茶”治疗牲畜腹泻的思路，选取肉兔为研究对象，从其粪便中富集发酵出以益生菌为主的复合微生态制剂，饲喂幼兔并观察这种复合微生态制剂对肉兔的益生效果，并且设计了一种以ERIC-PCR基因指纹图谱为基础快速分析粪便主要菌群结构的方法。本研究主要内容包括：　　⑴借鉴Cinquin等提出的新型固定化细胞发酵模型，设计了一种适宜于肠道有益菌群生长的厌氧固定化发酵装置；为了验证装置的预期性能并筛选出适宜的培养条件，用该装置进行了肠道菌群培养试验。培养时先用凝胶小球固定粪样中的菌群，然后转入装置中进行发酵，结果表明装置的最适发酵温度与肠道相近为37℃，发酵成熟时间为20h，能提供有效的厌氧环境，对以双歧杆菌为代表的肠道厌氧菌富集效果高达270倍，能够很好的模拟肠道的发酵状态。　　⑵为了获得最适发酵培养基，进行了一系列的碳氮源筛选试验、pH试验、单因素试验、梯度爬坡试验和响应面试验。通过在培养基中添加双歧杆菌促生长剂，对发酵培养基进行优化，得到了一种能够使最终发酵产物中双歧杆菌等益生菌的含量最高，而大肠杆菌等条件致病菌含量最低的培养基配方，为后面发酵制备复合微生态制剂做准备。　　⑶为了能够方便检测粪样中的菌群结构变化，设计了一种基于ERIC-PCR DNA指纹图谱技术的菌群结构检测方法。首先优化出适合兔粪微生物的ERIC-PCR反应体系；然后通过选择性培养基平板分离出粪样中双歧杆菌和大肠杆菌，提取基因组作ERIC-PCR分析，确定兔粪微生物基因指纹图谱中450 bp处为双歧杆菌的特征条带，1300与4000 bp处为大肠杆菌特征条带，测定这3条条带的亮度信息即可分析两种菌的含量比例；最后经发酵验证，图谱中的相应条带亮度变化趋势与平板计数所测结果相一致（相对亮度R与相对菌落数lg cfu的相关系数为0.9676），证明该检测方法较为可靠。　　⑷为了验证所设计和制备的复合微生态制剂的益生效果，开展了初步的动物试验，结果表明饲喂了复合微生态制剂的肉兔生长性能显著提高，与空白对照组相比料重比降低达17.25％，且肠道抵抗外界干扰的能力提高，患腹泻的概率明显降低。