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沙门菌作为一种人兽共患病原菌,多年来持续威胁着人类健康。猪是沙门菌的主要宿主,人类在摄食被污染的猪肉或猪肉制品后引发沙门菌病。因此,加强猪肉生产链中沙门菌的监测和防控至关重要。目前,国内关于猪肉生产链中沙门菌污染情况的研究较少,而针对生产链不同环节防控措施的研究更是鲜见报道。猪养殖场、屠宰场和市场是猪源沙门菌发生污染和传播的主要场所。本研究调查了猪肉生产链各个环节沙门菌的污染情况和血清型分布,并利用多位点基因序列分型(Multilocus sequence typing,MLST)、脉冲场凝胶电泳(Pulsed field gel electrophoresis,PFGE)等分子分型方法和全基因组测序手段(Whole genome sequencing,WGS)对沙门菌进行分型研究,以探明猪肉生产链中沙门菌污染的关键控制点及其主要污染方式。在分型研究基础上,分别在屠宰环节、运输环节和市场环节开展防控研究。在屠宰环节增加喷淋设施,在运输环节增加消毒次数以及在市场肉制品中利用咪唑盐类纳米材料进行沙门菌消减试验,以期减少猪肉生产链中沙门菌的流行,对猪肉生产链中、下游对沙门菌进行防控。1.猪肉生产链中沙门菌的流行状况2017年7月至2018年12月期间,于江苏某大型生猪养殖场、某大型半自动化生猪屠宰场及其下游超市进行10次采样,共采集样品950份。其中养殖场粪便样品80份,屠宰场胴体擦拭样400份,屠宰场环境样、设备擦拭样和运输工具擦拭样共70份,超市样品包括200份猪肉样品和200份猪骨头样品。共分离出沙门菌417株,总分离率为43.9%。养殖场粪便样品的沙门菌分离率在整个猪肉生产链中处于最低水平(28.8%);屠宰场待宰圈环节的沙门菌分离率升高,达到47.0%,这可能与猪在运输过程中的应激反应导致排泄增加造成的交叉污染有关;在劈半环节沙门菌的分离率达到最高(51.0%),可能是劈半刀具以及胴体内容物的污染导致;劈半后的多道喷淋工序,冲淋胴体表面,使修饰环节的分离率大幅降低至33.0%;入库前的乳酸喷淋和低温保存的抑菌作用使得冷库中胴体沙门菌分离率降至最低的23.0%。屠宰场地面,刀具,运输车辆擦拭样等环境样品,总分离率为18.6%。在超市环节中共采集400份样品,分离沙门菌227株,总分离率为56.8%,其中猪肉样品分离率为50.0%,排骨样品分离率为63.5%。使用Kauffmanne-White方法对分离到的417株沙门菌进行血清型鉴定。结果显示,猪肉生产链中最优势血清型为德尔卑沙门菌(35.1%),其次为鼠伤寒沙门菌(31.0%),这两种沙门菌在每次采样中均有检出。其他有较高检出率的是伦敦沙门菌(10.3%)和罗森沙门菌(8.4%),剩余的几种沙门菌血清型包括汤普逊沙门菌、里定沙门菌、肠炎沙门菌等,其分离率都没有超过2.0%。2.猪肉生产链中沙门菌分离株的分子分型及防控研究对202株沙门菌进行MLST分型,共有10种ST型,其中ST40、ST34、ST469以及ST155在猪肉生产链中养殖场、屠宰场和市场均有检出,ST40占37.1%,ST34占35.9%,ST155和ST469分别为13.4%和11.9%。ST型与血清型之间呈现一一对应的关系。选取MLST试验中的67株德尔卑沙门菌进行PFGE分型试验。结果显示,同一来源的德尔卑沙门菌相似性很高,相似度均大于85%。在屠宰场不同环节中发现了大于85%相似性的菌株,同时也有不同来源菌株的相似性大于85%,而大于85%相似性的菌株被认为是同种菌株。以上结果表明沙门菌沿生产链传播污染,同时在屠宰场可能存在定殖菌群,对胴体造成持续污染。因为PFGE是对沙门菌基因组进行单一酶切位点的剪切,因此在菌株间发生的质粒转移,转座子等可移动元件的缺失或增加以及片段的同源重组均无法通过PFGE实验揭示出来,而WGS由于其具有分辨率高,功能全面等优点,随着测序成本的降低,可以通过大批次的测序,对沙门菌进行流行病学分析。因为PFGE无法监测到菌株基因组中发生的质粒转移、转座子等可移动元件的缺失和插入以及同源重组,为了对猪肉生产链中沙门菌溯源并寻找猪肉生产链中关键控制点,选取与PFGE试验中相同的67株德尔卑沙门菌菌株进行WGS试验。通过对基因组上367个管家基因绘制最大似然树,在树的同一簇中发现不同来源的沙门菌,无论从进化的亲缘关系还是基因组相似度上都表明不同来源的沙门菌可以通过猪肉生产链进行传播。本研究通过WGS分析从基因组层面说明猪肉生产链中下游菌株是由上游菌株沿猪肉生产链传播;并且屠宰场中定殖菌群主要存在于各种刀具中,在屠宰过程中与胴体接触发生交叉污染。PFGE试验和WGS试验的结果显示,屠宰场劈半环节和运输车辆为猪肉生产链中降低沙门菌污染的关键控制点。针对这些关键控制点结合生产企业的生产实际,本研究提出了针对性的防控措施。其中,在屠宰环节中的劈半环节后增加了喷淋设施,对胴体进行两次喷淋,该措施使劈半后沙门菌分离率从51.0%降低至33.0%。在运输环节,将运输卸货后的一次消毒增加至卸货后和重新装车行两次消毒,同时使用2%的氢氧化钠溶液配合1%的过氧化氢溶液进行消毒,改进消毒措施后猪肉沙门菌的分离率从60.8%降低至50.6%。针对市场环节猪肉感染率高的情况,使用一种具有良好杀菌效果的咪唑盐类纳米材料对市场中肉制品进行杀菌效果的研究。使用纳米材料处理猪肉,洗脱细菌进行涂板计数,结果显示纳米材料处理使猪肉载菌量下降40倍。上述措施均有效降低了猪肉生产链中沙门菌的分离率,尤其是新型纳米材料为沙门菌防控提供了新思路。