自上世纪九十年代,我国高等教育就步入了快速发展时期,高等教育不仅肩负着培养人才的重要使命,亦为促进各国社会经济发展的重要基础。甘肃作为欠发达省份,在经济文化发展中相对落后,如何才能将其所拥有的资源进行最优化的配置,使其能够带来最显著的经济效益和社会效益,来实现我省高等教育的可持续发展,对提高我省经济效益和社会效益均具有重大的现实意义。本文以绩效评价相关理论为理论基石,将企业中绩效评价的理念引用到高等教育评价中,运用数据包络分析方法(DEA)对甘肃省高等学校科研绩效进行评价。其中,以我甘肃省高等学校的科技活动人员人数和拨入经费数量作为投入指标,专著数量、学术论文数量、成果鉴定数量、技术转让收入和国家级获奖数作为产出指标,对其科研绩效的有效性进行分析,并以五年为一个周期来进行评价,最终确定我省高等学校所开展的科研活动是否有效。本文采用《教育部直属高校科技统计资料汇编》数据为基础数据,且认为DEA方法更有利于提高资源的利用率。运用DEA模型对甘肃省高等学校的科研绩效进行评价,就可以得到所选样本科研绩效相对有效性评价,再对评价结果进行综合分析。最后,为我省科研绩效非DEA有效的高等学校提出了具有针对性的改进建议。