在我国，乡镇政府管理与村民自治是农村基层稳定发展的两翼，其事关我国经济社会的发展大局，任何一方缺失都会给我国农村基层的稳定发展带来巨大的消极影响。我国正处在社会转型期，要求扎实推进社会主义新农村与和谐社会建设的工程，而这些工程的顺利推进需要乡镇政府管理与村民自治的良性互动，形成合力。但是由于体制、经济、法律制度、思想文化等因素影响，虽然中国恢复推行村民自治将近30年，但是乡镇政府管理与村民自治之间依然存在经济、政治等领域的冲突，难以形成良性互动的局面。本文以广西 J镇为案例，从政治学视角，系统分析了乡镇政府管理与村民自治之间缺乏良性互动的主要体现及其制约因素，并由此认为推进乡镇政府职能转变、加强县级政府的宏观调控、完善相关法律制度、提高村民的综合素质等是有效推动我国乡镇政府管理与村民自治良性互动的主要途径。