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玉米的Waxy基因编码颗粒凝结型淀粉合成酶(GBSS Ⅰ)，决定玉米胚乳和花粉中的直链淀粉合成。普通玉米(WxWx)籽粒中的淀粉由直链淀粉(约25％)和支链淀粉(约75％)组成。糯玉米(wxwx)子粒中几乎不含直链淀粉，全由支链淀粉组成。因为不同转座子插入基因序列的不同位点，Wx基因突变成了各种不同的等位基因，使其编码颗粒凝结型淀粉合成酶的结构各不相同，活性界于5％至95％之间。 本研究根据Waxy基因位点等位突变的原理，以野生型Wx基因为模板，设计一套特异PCR引物，分段扩增Waxy基因，并使扩增片段首尾重叠，以利对各种等位突变进行序列分析。结果表明，用上游引物P1(5′-GGCGTACGAGGAGATGGTGAGGAA-3′)和下游引物P2(5′-CGAAACAAACAGGGCCAAAGATAG-3′)进行特异PCR扩增，可在Waxy基因的3′端(4054-4760bp)检测出多态性差异，用以对糯玉米与普通玉米杂交的F2分离群体直接进行基因型检测，可在苗期区分糯质与非糯质分离单株。从130株F2分离群体中，检测出97个非糯质单株，33个糯质单株，与成熟后对籽粒进行碘液染色鉴定的结果完全相符，经x~2检验也符合3：1的分离规律。 用此套引物对19个不同的糯玉米自交系进行特异PCR扩增，分析Waxy基因位点的多态性差异。结果表明，自交系R5至R19的突变位点相同，在Waxy基因的3′端(4054-4760bp)；R1和R3的突变位点在Waxy基因的5′端(223-1864bp)；R2和R4的突变位点在Waxy基因的5′端(1696-2721bp)。淀粉组成分析表明，自交系R5至R19支链淀粉在淀粉总量中所占的百分比间差异不显著，而各自交系产量间差异显著。 玉米的Shrunken-2基因编码腺苷二磷酸葡萄糖焦磷酸化酶(AGPP)的大亚基。因为转座子的插入，Shnmken-2基因突变为隐性shrunken-2，使淀粉合成受阻，籽粒内大量积累可溶性糖，表现为超甜玉米。本研究以显性Shrunken-2基因为模板，设计特异PCR引物，对超甜玉米自交系和普通玉米自交系进行多态性检测，发现超甜玉米的隐性突变位点位于Shrunken-2基因的1706-2669bp之间，用上游引物P1(5’-TGTATTCTTACCTCAGATGC-3’)和下游引物P2(5’-TCATAGGAATATCAATAAGC-3’)可对显性Shrunken-2基因与隐性shrunken-2基因直接进行基因型检测。