在棉花中,有关叶色基因的研究已有相关报道。对叶色突变体基因的定位有利于促进分子标记辅助育种在生产上的应用,它也可以为基因的图位克隆打下基础。本研究是在陆地棉鄂棉22（E22）和海岛棉3-79的回交后代中（BC1S9）发现了红株突变体,红株基因暂时命名为Re。利用两亲本E22和BC1S9构建F2分离群体。在F2分离群体中出现了红株、中间型植株和绿株,且三种性状的分离比符合孟德尔1:2:1的分离比。利用1898株F2隐性单株群体为作图群体对红株突变体进行精细定位与表达分析。主要结果如下:1.在F2群体中挑选出10株典型红株植株构建红株池,10株绿株构建绿株池。基于本实验室高密度的海陆种间图谱,采用分子标记技术,筛选到与红株突变基因Re连锁的标记MON_DC40065。在此基础上,以雷蒙德氏棉为参考基因组分别开发了470个SSR标记和126对UTR引物,以陆地棉为参考基因组开发了80个SSR标记。利用BSA法对这些标记进行多态性的筛选,连锁分析显示共有11个标记与基因Re连锁。基因Re位于D07染色体Chr01₈M-004和Gr01₉-13M₀56之间,两标记的物理距离大约为1.5 Mb。2.目标区域内包含88个基因。通过代谢途径分析发现,与色素代谢途径合成与转运相关的基因共有5个,分别为RE1、RE2、RE3、RE4、RE5。对目标区段内基因在两亲本E22和BC1S11间进行表达量分析,结果显示,仅基因RE3在两亲本间表达量有差异,且差异是极显著的。已有研究表明此基因与花青素的转运相关。3.在精细定位的同时,建立了红株突变体的回交群体。通过对回交株系单株的遗传背景筛选,从回交株系BC5S2和株系BC7S2中共筛选出与轮回亲本E22遗传背景最为相似的两个单株,为以后构建近等基因系及筛选重组单株打下基础。