矮牵牛遗传图谱构建及重瓣分子标记筛选

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花是园林植物的重要观赏部分,对于花型、花色等性状的变异改良研究具有极大经济效益,也一直是花发育研究的热点。重瓣是一种突变花型,观赏价值大,关于其形成分子机理的研究对提高植物观赏性具有重大意义。矮牵牛既是园林植物中被广泛应用的花坛花卉,也同拟南芥、金鱼草一样是植物花发育研究的模式植物,因此是研究重瓣性状的理想材料。本研究结合前人的研究分析结果,从正向遗传学角度出发,通过全基因组重测序构建矮牵牛遗传连锁图谱。同时利用分子标记与近等基因系对重瓣基因进行定位,结合图谱定位结果,以期圈定重瓣基因所在区间,获得重瓣候选基因。目前获得的主要研究结果如下:1.利用原有标记比对到重瓣基因组9条Scaffold,根据单重瓣矮牵牛重测序及转录组测序结果,用IGV软件对9条Scaffold上注释的459个基因进行筛选,得到52个在单重瓣中CDS序列存在显著差异的基因。优先对在重测序或转录组中显示单瓣完全缺失的基因设计引物进行差异片段扩增,其中4对引物在单重瓣矮牵牛中扩增出现差异,扩大群体检测在单重瓣中扩增差异稳定存在。同时筛选得到37个在单重瓣中启动子序列存在显著差异,并且在重瓣中表达量上调的基因。2.选取近等基因系中两个组合的单重瓣矮牵牛杂交,得到两个新的筛选群体,分别为720株和384株。综合前期实验开发的标记及本实验中新筛选得到的标记,共有19个标记。参考矮牵牛重瓣基因组与马铃薯和番茄基因组的共线性分析得到的Scaffold排列顺序,优先选取靠近两端的Scaffold上的标记,即采用Scaffold676上的标记Scf4-1与Scaffold1027上的标记Scf43进行新一轮检测。以目前群体数量检测后并未出现交换单株。3.利用单瓣腋花矮牵牛(Petunia axillaris)与重瓣矮牵牛作为亲本杂交,再在F1代中分别选取一株单重瓣矮牵牛进行杂交,对F1代杂交获得的群体采用全基因组重测序技术,构建矮牵牛高密度遗传连锁图谱。分别采用两种软件进行连锁群划分与图谱构建:使用JoinMap4.1软件构建的图谱包含4474个标记,总遗传距离为2022.786 cM,平均遗传距离为0.758 cM;使用LepMap3软件构建的图谱包含8030个标记,总遗传距离为453.39 cM,平均遗传距离为1.00 cM。通过遗传图谱,将重瓣性状初步定位到LG5。
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