采用鼻咽癌细胞系HNE1质膜为研究对象，分成三部分研究细胞表面蛋白质：（1）通过0.1M Na₂CO₃、水和生物素处理细胞表面富集到细胞外周蛋白质，（2）通过Percoll密度梯度超速离心得到全质膜，（3）对细胞匀浆Na₂CO₃处理后再进行Pereoll密度梯度超速离心得到整合质膜的蛋白质。对这三部分的细胞表面蛋白质通过一维SDS-PAGE及双向凝胶电泳分离结合电喷雾四极杆串联质谱（ESI-Q-TOF）和基质辅助激光解析串联质谱（MALDI-TOF-TOF）鉴定，以及“shotgun”等技术路线对蛋白质进行分离鉴定，一共鉴定了856个非冗余蛋白质。通过生物信息学分析，发现在鉴定的结果中共有58个与癌症相关的蛋白质，在细胞信号分子分析中发现112个蛋白质在细胞信号转导通路中起到重要作用，另有21个蛋白质在疾病相关通路中扮演重要角色。我们同时将所有鉴定到的蛋白质输入Binding数据库搜索，利用Pajek软件分析，构建了一个蛋白质相互作用的关系图。我们对鉴定到的蛋白质中的Galectin-1，nm23，Keratin 8，HSP-70，VCP进行了免疫细胞学分析，发现这些在前人研究中定位在胞浆和核上的蛋白质，同样也定位在细胞膜上。同时，我们对不同分化程度的鼻咽癌细胞系CNE1和CNE2的细胞质膜进行了差异蛋白质组的分析。通过Percoll密度梯度离心，用Western Blot Dot分析，取富集了细胞质膜的一层，用丙酮沉淀后再裂解得到蛋白质。采取2DE的方法对蛋白质进行分离鉴定。对2DE的图谱进行了PDQUEST 7.2分析，应用MALDI-TOF-TOF鉴定，其中13个差异蛋白质得到了准确鉴定；对差异蛋白质中具有重要意义的蛋白质，如Gelectin-1和Annexin Ⅱ进行Western blot得到了证实。对Cytokeratin 8和HSP 70等蛋白质通过实时RT-PCR分析。