稻曲病是由Ustilaginoidea virens(Cooke) Tak引起的一种世界性水稻穗部真菌病害。近些年来，随着杂交水稻的大面积推广和增产措施的采用，稻曲病由次要病害逐渐上升为主要病害，引起了植保界和水稻育种界的高度重视。以往对稻曲病的研究多限于病原菌生物学特性、病害田间观察、发生原因、防治对策等方面，而病原菌遗传多样性、致病性分化等观点尚未统一。对稻曲病菌的遗传多样性研究多集中在不同地区、不同年份、不同寄主材料上的菌株群体遗传分析，由于稻曲病菌的遗传特性受多个因素共同影响，至今也未得出较为统一的结论，这在很大程度上制约了抗病育种工作的开展。分析同一地区、同一时期、同一寄主材料上的稻曲病菌的遗传多样性及其致病性分化情况，能够在不增加变量的情况下，更准确的分析稻曲病菌的群体遗传结构和致病性分化之间的联系，为抗稻曲病育种提供理论依据。　　本实验对四川雅安草坝病圃高感稻曲病品种蒲江6号上分离的88个单孢菌株，进行了生物学特性观察、遗传多样性及致病性分化测定，主要结果如下:　　供试菌株的遗传多样性:通过对稻曲病菌进行MLST分析，选用具有丰富SNP位点，且易于扩增单孢菌株的2个maker，对88个单孢菌株进行扩增。Maker1和maker2分别成功在62个菌株和49个菌株中扩增出清晰条带，其中有39个菌株在两个maker中都能扩增出条带;只能在maker1中扩增出条带的菌株有23个;只能在maker2中扩增出条带的菌株有10个，分别占供试菌株的44.3％，26.1％，11.4％。　　测序结果采用MEGA5.1软件分析，依据邻接法(NJ)建立分子树。Maker1将62个供试菌株分为4个遗传类群:Ⅰ类有31个菌株，为优势类群，Ⅱ类有7个菌株，Ⅲ类有1个菌株，Ⅳ类有23个菌株，分别占供试菌株群体总数的50％、11.3％、1.6％、37％; Maker2将49个供试菌株分为4个遗传类群:Ⅰ类包含40个菌株，为优势类群，Ⅱ类包含2个菌株，Ⅲ类包含3个菌株，Ⅳ类包含4个菌株，分别占供试菌株群体总数的81.6％、4.1％、6.1％、8.2％。遗传分类结果表明:同一地区，同一年份，同一寄主材料上的稻曲病菌之间也存在遗传多样性，甚至同一稻曲球上都表现出遗传差异。　　供试菌株的生物学特性:对供试的88个菌株进行了产孢量、菌落颜色、菌株形态观察。88个菌株产孢量之间存在差异，菌株产孢量在100×105个/ml以上的有14个，占供试菌株比例为15.9％，产孢量在10×105个/ml以下的菌株有6个，占供试菌株比例为6.8％;菌落分为白色、黄色、黄褐色、深绿、褐色5种颜色，各自占供试菌株的比例为15.9％，59.1％，4.5％，12.5％，8.0％;菌落形态分为平齐菌落和隆起菌落两类，平齐菌落占供试菌株的56.8％，隆起菌落占供试菌株的43.2％。　　生物学特性和遗传多样性间的关系:供试菌株的每种生物学特性（产孢量的多或少，菌落的平齐或隆起，菌株不同颜色）在两个maker分出的不同遗传类群中都存在。由此可见，菌株的基因类群与其生物学特性之间并无相关性。　　致病性分化:根据遗传分类结果，从4大类中共选出10个菌株在4个感病水稻材料上分别进行人工接种，测定菌株致病性。10个菌株对高感病水稻材料HR2306的致病力都不强;除了78-4-12、2-1-11、3-21-8三个菌株外，其余的菌株对高感病水稻材料08R2394都表现出强的致病性;菌株78-4-12在4个感病水稻材料上的平均病粒数小于10个，表现弱致病力;2-1-11对4个感病水稻材料无致病力;3-21-8只对高感水稻材料蒲江6号表现强致病力;2-9-10只对高感水稻08R2394、中感水稻92-548表现强致病力。实验结果表明，供试的10个菌株，在4个不同的感病水稻材料上表现出明显的致病性分化现象。　　致病牲分化与遗传多样性间的关系:接种在蒲江6号水稻材料上的10个菌株的致病性差异划分结果与10个菌株在maker1扩增下，遗传分类类群划分结果规律一致。推测maker1可能与蒲江6号上稻曲菌的致病性相关联。