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隐孢子虫是一种具有重要医学和兽医学意义的原生动物寄生虫,可感染包括人在内的绝大多数动物。野生动物和牛均是隐孢子虫的重要储存宿主,目前研究人员已在多种野生动物中发现了不同隐孢子虫虫种/亚型,且某些地区野生动物源与牛源隐孢子虫存在交叉感染,甚至具人兽共患性。因此,为了探寻四川省某些野生动物源隐孢子虫与牛源隐孢子虫虫种/亚型间的关系,进行了本研究。本试验收集了2014年4月-2015年8月期间采自四川黑熊、藏酋猴、羚牛和猕猴养殖场,成都、碧峰峡动物园,成都、雅安大熊猫繁育基地的圈养野生动物粪便样品共计465份,采用饱和蔗糖漂浮和巢式PCR法对其中隐孢子虫的感染情况进行了检测和鉴定,同样利用巢式PCR法鉴定本实验室保存的四川地区牛源隐孢子虫阳性粪便样品53份；扩增GP60及MLST位点(MS1、MS2、MS3、MS16)基因鉴定隐孢子虫亚型。并运用Structure分析了Cryptosporidium andersoni的种群结构,探索四川地区C. andersoni的种群特征。粪便漂浮后镜检结果显示野生动物感染隐孢子虫为阴性。但巢式PCR检测到了松鼠猴源、骆驼源隐孢子虫(SCSM01、CDBC01)各1份。同时有48株牛源隐孢子虫分离株(SC01-SC48)的18S rRNA基因位点成功扩增。结合18S rRNA基因位点序列同源性和种系发育分析判断SCSM01为C. hominis, CDBC01为C. andersoni 。而SC01-SC07、SC08-SC15、SC16-SC29和SC30-SC48分别为C. parvum、C.ryanae、C. andersoni和C. bovis。四川地区的牛源隐孢子虫的优势虫种为C. bovis。且分离株SC20-SC29与CDBCO1的18S rRNA基因位点无碱基的差异,而SC16-SC19与CDBCO1仅在431位显示一个碱基序列差异,四川省野生动物与牛隐孢子虫可能存在交叉感染。SCSMO1与SCO1-SC07的GP60基因位点序列的种系发育表明,SCSM01为新亚型,命名为IkA7G4；而SC01-SC07亚型为IIdA19G1。CDBC01和SC16-SC29的MS1、MS2、MS3和MS16四个微卫星位点(MLST)的序列种系发育则表明,CDBCO1的亚型为A6、A5、A2、A1,SC16-SC24亚型为A4、A4、A2、A1；SC25-SC28亚型为A4、A4、A4、A1；SC29亚型为A1、A4、A4、A1。将我国所有的C.andersoni亚型进行种群结构分析,共得到了3个族群,各族群均有本试验所得亚型,且优势亚型分布在第1族群,与第2族群中的亚型相比具有一定的区域特异性。综上所述,本试验首次在四川地区检测到了松鼠猴感染隐孢子虫,弥补了松鼠猴感染了隐孢子虫的空白,丰富了关于非人灵长类的宿主范围,鉴定出的IkA7G4填充了C. hominis的亚型数据库。再次鉴定出骆驼源C. andersoni预示着C. andersoni可能为四川省感染骆驼的优势虫种。同时鉴定出四川地区牛与骆驼均可感染C.andersoni,验证了四川地区的牛与野生反刍动物之间的隐孢子虫可能存在交叉感染的推测。首次在四川地区检测到牛源C. parvum并鉴定亚型,确定了四川地区牛源隐孢子虫的优势虫种为C. bovis,为牛隐孢子虫病的预防提供了基础数据。分析了四川地区C. andersoni亚型种群结构,确定了四川地区的C. andersoni存在独特的种群特征。