近年来我国经济飞速发展的同时也带来的各种生态环境问题,水污染由于关涉工业经济和公众健康而成为环境问题的焦点。伴随着工业经济的繁荣和人们生活方式的转变,生产生活对水资源的依赖性日益加深。水资源的开发利用程度不断加大,排入水体的污染物数量和种类不断增多。水污染从早期点状爆发的低级形态,业已发展到流域内大范围并发的高级形态。流域水污染对水资源安全造成严重威胁,也对生态文明建设和可持续发展提出了挑战。虽然从淮河流域水污染开始,我国就开始努力探寻水污染防治的解决之道,并在法律制度上做出一些尝试,在产业政策上鼓励环保产业发展。然而后续数年仍然爆发了如松花江流域特大污染事故(2005年)、太湖蓝藻事件(2007年)、山西长治苯胺泄漏导致河北邯郸污染事件(2013年)、湖北硫精矿洗污染重庆巫山水库事件(2014年)、甘肃太石河锑泄露污染下游甘、陕、川三省河段事件(2015年)等一系列流域水污染事件。继多年不懈治污之后,我国“十三五”规划又拟投入巨资治理水污染。环境与资源保护法学与自然科学具有密切相关性。水体的流域特性决定了水污染的流域特性,流域水污染具有广泛性、复杂性、多样性的特征。这就要求水污染防治必须从流域的视野加以考察。本文通过环境正义理论、利益衡平理论和公共选择理论角度剖析了流域水污染防治法律制度的理论基础,并对我国的制度实践进行深入检视。由于现有管理体制、相关立法和公众参与的不尽完善,使我国流域水污染防治陷入困境。具体而言,在流域水资源管理制度方面,纵向上的多部门管理的“九龙治水”和横向上的区域府际利益冲突的问题,造成了“条块化分割”的治理现状。同时,流域管理机构的长期弱化使其不能在这种纵向和横向的利益博弈之中起到有效的协调作用。在流域水污染防治立法方面,存在流域水污染防治立法陈旧、法律规范之间不协调、流域水污染防治专项规定存在缺陷等问题。在公众参与方面,由于公众缺乏知情权和参与渠道而不能积极发挥作用。西方发达国家流域水污染防治的成功经验表明,流域控制具有必要性和可行性,并对我国水污染防治法律制度的完善提供了借鉴意义,即从分散控制转向流域集中、协调防控的治理模式。据此,我国应当建立流域水资源管理综合防治体系,加强流域管理机构的管理职能,使“预防为主”的源头控制理念贯穿于流域水资源开发利用的全过程。同时,广泛开展区域间府际协作,完善末端治理。其次,改进我国流域水污染防治法律法规体系。更新立法理念并加快立法修订进程,开展水资源开发保护和污染防治统一立法,开展流域立法。最后,提出完善公众参与制度、拓宽公众参与渠道、扶持环保公益组织发展并引入社会资本参与治理等对策建议。