随着农业经济的逐步发展和社会环境的日益变化，农村家庭联产承包责任制的弊端日益凸显，家庭分散经营下的土地细碎、规模狭小、耕地抛荒等问题逐步显现。为适应农村工业化和农业现代化的发展需求，农村土地股份合作制作为一种新的土地流转方式应运而生。农村土地股份合作制发源于珠江三角洲地区，它丰富了家庭联产承包责任制的经营方式，改土地分包为投包，实现了土地的规模化经营和农业的现代化，一度受到理论界和实践界的高度赞扬。但是，这一制度在实践中依然存在诸多困境，仍有很大的改进和提升空间。　　本文主要以顺德区O村、P村和Q村的土地股份合作社为研究对象，首先通过对三村股份合作社章程进行文本研究，继而深入实践，对各股份合作社的工作人员进行深入访谈，运用现代公司的委托——代理理论来分析三村股份合作社在治理机制上存在的不足，针对不足提出对策建议，从而推动股份合作社的进一步发展。按章程规定，三村股份合作社都建立“三会”（股东大会、理事会和财务监督小组）制度，形成了理论上的委托——代理关系。然而，在具体操作层面，三村股份合作社出现了“三会”制度虚置、“政社不分”、缺乏有效的激励和监督机制等问题，导致土地股份合作社规模无法进一步发展壮大。　　因此，本文建议从以下四个方面着手完善土地股份合作社的治理机制：其一，加强立法建设，为土地股份合作社创造一个良好的法律政策环境，促进土地股份合作社的健康发展；其二，合理设置股权，建立股权流动机制，在固化基本股的同时设置流通股，积极吸收外部资金来发展壮大股份合作社；其三，规范土地股份合作社组织形式，落实“三会”制度，做到“政社分开”，保障土地股份合作社信息的公开透明，增强土地股份合作社内部的民主决策和民主管理力度,其四，建立完善的激励机制和监督机制，充分发挥它们对土地股份合作社经营管理者或代理人的激励和监督作用，提升土地股份合作社的管理水平和经营效益。