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随着人类工业文明的发展和人口的迅速增加,人类对自然环境的不利影响越来越严重,海洋生态系统的健康与安全问题日益凸显。传统的海洋管理模式注重短期和局部的经济利益,而忽略了资源与环境的可持续利用,这种管理模式无法解决日益严重的全球环境问题和大尺度的海洋环境问题。因此本文从基于生态系统的途径和区域的途径出发研究基于生态系统的区域海洋管理的体制和运行机制,旨在为区域海洋生态系统设计一个行之有效的管理模式——基于生态系统的区域海洋管理(Ecosystem-based Regional Ocean Governance,EBROG),实现区域海洋生态系统的可持续发展。本文综合运用环境学、生态学、资源学、海洋学、地理学、经济学、社会学以及政策学等学科的理论和方法,理论研究与案例分析相结合,研究了基于生态系统的区域海洋管理的架构和制度机制,取得如下主要成果:(1)在分析国内外基于生态系统的管理内涵、原则和实践,以及区域海洋管理的概念、类型和内容的基础上,提出了基于生态系统的区域海洋管理的内涵必须包括两层涵义,一是将基于生态系统的管理(Ecosystem-based Management)途径用于海洋管理,二是采用区域合作的途径进行海洋管理。(2)根据各国基于生态系统管理的实践和以往海洋环境管理的经验,提出了在区域海洋中实施基于生态系统的管理应该遵循的7条原则,以及基于生态系统的区域海洋管理的架构,为开展基于生态系统的区域海洋管理的体制和运行机制研究提供指导。(3)基于我国海洋管理的体制和运行机制的现状和弊端的分析,从理论上研究了基于生态系统的区域海洋管理的体制和运行机制,探讨了如何根据中国特定的政治、社会、经济背景进行基于生态系统的区域海洋管理的体制和运行机制的建设,提出两种管理模式即区域海洋综合管理委员会模式和区域海洋权利集中管理模式。(4)以九龙江流域及其毗邻的厦门湾作为案例研究区域,从机构设置、职能划分、运行机制以及整治效果的评估等方面,总结分析了九龙江流域综合整治的状况,指出目前九龙江流域管理体制存在的问题,并结合国内外区域海洋管理的实践和经验,通过类比分析的方法为开展厦门湾-九龙江流域的区域海洋管理提出相关的建议。