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目的：1.探索冠心病(coronary heart disease,CHD)常见证候分布规律及中药配伍应用规律；2.预测常用补气、活血、破血药对治疗CHD分子机制。方法：在中国生物医学文献数据库中收集治疗CHD文献数据,采用基于敏感关键词频数统计的数据分层算法,文本挖掘冠心病中医证候、中药规律,这些规律通过一维频次表及二维的网络图进行展示,得出CHD常见证候及其相应治疗用药。以最高频次证候关联性强的中药药对及人工分析方法补充纳入适当的中药为研究对象,利用PubChem查找这些药物的相应人类靶蛋白,同时从PubMed基因库中检索到CHD基因,把这些药物靶蛋白及CHD基因分别导入到IPA分析平台(Ingenuity Pathways Analysis,IPA)得到相应的网络、通路、分子等,通过对比分析药物与CHD间的网络、通路、分子等,探索、预测药对治疗CHD的分子机制。结果：1.文本挖掘结果显示CHD证型以气虚血瘀型为主,中药以黄芪与人参、丹参与三七彼此间关联性好,也是治疗气虚血瘀型的常见补气、活血药对。本研究选取这两个药对及用人工分析方法纳入破血药对三棱与莪术,探索这些药物治疗CHD的分子机制。2.生物信息学分析发现补气、活血、破血药对与CHD部分网络间有共同分子交联,共同交联的药物靶分子有HIF1A、ESR1、CYP3A4、PPARD、PLA2G7、OPRM1、MMP2、 ALB、ESR2、CYP2C19、PPARG、PPARA共12个。3.补气、活血、破血药对与CHD生物学通路相关性有一定的规律性：①补气、活血药对与心血管信号通路相关性好；②补气药对与细胞因子通路及细胞生长,分化与发育信号通路相关性好；③活血药对与核受体信号通路相关性好；④活血、破血药对与代谢通路相关性好；⑤三个药对与细胞内第二信使信号通路相关性各有不同。4.补气、活血、破血药对与CHD部分生物学通路间有共同分子交联,共同交联的药物靶分子有HIF1A、ESR1、CYP3A4、PPARD、PLA2G7、OPRM1、MMP2、ALB、ESR2、CYP2C19、 PPARG、PPARA共12个。补气、活血、破血药对与CHD网络、通路共同交联的靶分子中,①三个药对共有的靶分子有HIF1A、ESR1、CYP3A4;②补气、活血药对共有的靶分子有PPARD、PLA2G7;③活血、破血药对共有的靶分子有OPRM1;④补气药对独有的靶分子有MMP2、ALB;⑤活血药对独有的靶分子有ESR2、CYP2C19、PPARG、PPARA。结论：1.文本挖掘结果显示气虚血瘀证是CHD最主要、最常见的证型,反映了CHD的中医基本病机特点；丹参配三七、人参配黄芪是中医治疗CHD常用的补气、活血药对。文本挖掘结果反映了CHD中医临床诊治实际。2.补气、活血、破血药对与CHD相关生物学网络、通路间有共同交联的药物靶分子有HIF1A、ESR1、CYP3A4等12个。三个药对通过与CHD共同交联的药物靶分子,调控CHD的相关通路、网络可能是三个药对治疗CHD的分子机制,同时也体现了这种调控是多靶点、多途径的。3.三个药对与CHD生物学通路相关性有一定的规律性,这些规律性,反应了三个药对影响CHD的特点。三个药对影响CHD有共同之处,如三者均可能通过其共有的靶分子HIF1A调控Hypoxia Signaling in Cardiovascular System、HIF1α Signaling、 VEGF Signaling等生物学通路；三者也有不同之处,如活血、破血药对可能通过其共有的靶基因OPRM1调控G-Protein Coupled Receptor Signaling通路,补气药对可能通过其独有的靶基因MMP2调控HIF1α Signaling与IL-8Signaling通路。这些异、同之处,反映了三者单独或者联合治疗CHD的分子机制,为三者单独或者联合治疗CHD提供了分子机制理论依据,也为三者基于中医理论功效主治上的异、同提供了分子理论思路。4.文本挖掘技术结合生物信息学分析技术是探索、预测中药治疗疾病分子网络机制的有效方法。