环境保护问题关系到整个社会的生存和发展，引起了人们普遍关注，成为亟待解决的重大问题。从微观角度来考察，市场经济中企业在生态效率优化问题中的决策目标，既包括经济利润的增长，也包括污染排放量的降低。为了实现这个目标，政府环保部门对各企业实行环境管制，限制它们的污染排放量。此外，排放权交易是一种有效控制环境污染问题的经济手段。1974年由美国开始实施的排污权交易是一种利用市场手段解决环保问题的措施，它把市场手段和环境污染控制问题有机的结合起来，把允许排放的污染量当成一种商品在市场上交易，这种减排措施后来被推广到日本、澳大利亚、德国、波兰、英国等国家，都取得了较好的经济效益和社会效益。本文考虑了排放权交易制度，基于配置效率理论，分析企业的生产行为以及生态效率。本文采用的主要方法是配置效率方法，配置效率是数据包络分析的一种拓展模型，已知投入、产出的价格和成本，基于最大收益或者最小成本目标下，计算具有多投入和多产出的决策单元之间的相对效率。主要工作以及研究内容如下：　　 首先，系统的阐述了本文的研究背景，强调了环境保护的重要性，并回顾了排放权交易和效率的相关理论，得到本文的研究思路和研究内容。　　 然后，系统的介绍了数据包络分析方法和生态效率研究理论，根据企业决策者对环境污染最小和企业收益最大偏好不同，把他们分为环境偏好者、收益偏好者、环境收益中立者三类，并利用改进的配置效率模型分析在不同的三种偏好下企业的产出组合以及生态效率。　　 第三，以淮河地区32家造纸厂为研究对象，构建评价生态效率的指标体系，利用己提出的模型计算淮河地区32家造纸厂分别在污染最小收益最大、污染最小、收益最大三种不同目标下的产出组合和生态效率，随着参数的变化，企业最优生产组合如何？　　 最后，总结了本论文的研究成果，并提出了几个未来可以研究的方向。　　 本文的创新之处：第一，在评价生态效率时考虑了排放权交易制度；第二，提出一种新型的处理污染物的方法，即可交易的污染配额（=总配额量-用掉的污染配额）作为产出。