为了解浙江省HIV-1毒株的亚型分布、传播特征和流行趋势,我们在2004-2011年间募集部分HIV-1抗体阳性病例,采集静脉抗凝全血,提取前病毒DNA或病毒RNA,通过基因扩增、序列测定,获得HIV-1gag和pol基因片段。运用Mega等软件构建Neighbor-Joining系统进化树,分析基因亚型和遗传多样性;运用Simplot和RIP等软件分析新发重组毒株的重组断点；运用Bayesian系统进化分析并结合流行病学资料,探讨浙江省CRF01_AE毒株的起源、传播和流行趋势。研究表明,流行早期,HIV-1通过异性性接触途径传播进入浙江,进而播散流行,从高危人群向一般人群扩散；近几年,男男性行为人群中的HIV-1播散快速,成为浙江省最主要受累群体。浙江省内流行毒株亚型多样,来源复杂,主要毒株类型为CRF01_AE、CRF07_BC、CRF08_BC和B’(B),约占93%。但也存在C, G. CRF02_AG, CRF06_CPX等其他类型以及01B新发重组毒株(3个病例)和CRF07_BC/08_BC再重组毒株(5个病例),表明浙江HIV流行毒株类型复杂,疫情活跃,感染不同毒株的高危人群间存在交叉现象。这些特征符合浙江省艾滋病疫情多种途径、多种来源、以性接触传播为主的传播流行方式。从基因距离和Neighbor-Joining系统进化树判断,B亚型最早进入浙江,然后是B’、CRF01_AE、 CRF08_BC、CRF07_BC。Bayesian系统进化分析显示,CRF01_AE毒株1998年前后传播进入浙江,通过异性性接触和男男性行为进行广泛播散,并逐步成为浙江省的优势毒株。系统进化分析提示浙江与广西、江西和安徽等省病例具有直接或间接流行病学关联性。动态分析表明浙江省HIV疫情活跃,流行毒株复杂。浙江应加强与江西、安徽等周边省份联系,制定针对重点人群的预防和干预措施,提高防控效率,控制疫情蔓延。