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蛋白质组学是生命科学中继基因组计划之后最为活跃的热点研究领域,蛋白质组学研究的关键在于蛋白质的分离和鉴定。二维凝胶电泳是目前应用最为广泛的蛋白质组学分离技术,但其存在着诸多难以克服的缺陷;多维液相色谱以其分离效率高、方法灵活多样,且容易实现自动化的特点,受到越来越多的研究者的重视,在蛋白质组学研究中逐渐扩大了应用范围。本研究利用离线多维液相色谱联用,对人血清和组织蛋白质进行了分离并用基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱（matrix-assisted laser desorption/ionization time of flight mass spectrometry,MADLI-TOF MS）进行检测鉴定;将其应用于胰腺癌肿瘤标志物的筛选研究中,取得了比较满意的效果。 本论文主要包括以下五个部分: 1.前言部分。简述了蛋白质组学及其研究中的分离、生物质谱鉴定技术、生物信息学以及差异蛋白质组学研究等内容;介绍了胰腺癌的研究进展以及本研究的主要内容和意义。 2.体积排阻—反相色谱—质谱（SEC-RPLC-MS）对血清蛋白质组的研究。首先将血清样品使用缓冲溶液稀释、脲溶液变性和疏水色谱饼预分离三种方式进行预处理,并对预处理的条件作了优化和比较。预处理后的样品通过体积排阻（size exclusion chromatography,SEC）和反相色谱（reverse phase chromatography,RPLC）离线联用分离后,使用MADLI-TOF MS对各个组分进行检测。结果表明选择浓度为5.0mol·L-1的脲溶液进行变性,有效降低了血清中高丰度蛋白对低丰度蛋白的影响。采用疏水色谱饼对血清进行预分离,提高了样品处理量,有利于低丰度蛋白的富集和分离。同时研究中以肌红蛋白为模型使用质谱对其结构进行了鉴定,方法稳定,结果准确。 3.亲合色谱—反相色谱—质谱（AFC-RPLC-MS）对血清糖蛋白质组学的研究。建立了使用AFC-RPLC分离和质谱检测研究人血清中糖蛋白质组学的技术