国有企业和民营企业是现阶段中国经济的主要组织形式，是国民经济的重要组成部分。国有企业经过二十多年的不断改革，正在逐步实现全面建立现代企业制度的目标。民营企业则利用改革开放的良好机遇，迅速崛起，创造了中国和世界历史上许多有目共睹的经济奇迹。 国有企业的效益不佳，在世界各国都存在，其原因很复杂，各国的具体情况也各不相同。中国国有企业效益较差和民营企业效益较好几乎成为了人们的共识。国有企业经济效益的提高需要从产权改革、管理创新等多方面进行。但企业运行机制对企业效益的影响也非常重要，并且是深层次的、容易被人忽视的因素。 企业运行机制是企业有机体中各构成要素之间、企业与其他各相关组织间相互依赖、相互联结、相互作用的关系及其整体功能，是保证企业正常运转，实现企业生产经营目标的基本程序和方法的总称。它包括决策结构、信息结构和动力结构三个互相联系的组成部分，或产权机制、决策机制、竞争机制、动力机制和风险机制等五大子系统。企业运行机制与企业效益之间存在着非常复杂的、相互联系、相互影响的关系：企业运行机制可以直接影响企业的成本水平，进而影响企业效益；企业效益水平及其变化可以反映企业运行机制状况；企业运行机制对效益的影响还存在环节差异；企业效益水平的提高或降低可以促进企业改善运行机制。 通过对国有企业和民营企业运行机制中产权机制、竞争机制和动力机制的具体比较，可以发现国有企业和民营企业的运行机制各有优势和缺陷。依据对企业成本函数模型的分解，明确了企业运行机制，包括产权机制、竞争机制和动力机制决定的运行成本对总成本的影响，确定了国有企业和民营企业在运行机制上的差异对各自总成本及其效益的影响。 国有企业和民营企业可以相互借鉴，完善各自的运行机制。国有企业运行机制的改善主要是规范产权机制，降低社会成本；利用竞争机制，提高资源效率；运用动力机制，调动企业和职工多方面的生产经营积极性。民营企业则需要准确把握企业运行机制的完整性和系统优化，实现产权多元化；加强非物质激励约束，降低运行成本；构建平等竞争的平台。