全基因组重测序技术分析汉族瘢痕疙瘩家系基因多态性及初步研究

来源 :第四军医大学 | 被引量 : 1次 | 上传用户:xmingfu
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瘢痕是人体创伤修复过程中的必然产物,是创伤后引起的皮肤外观形态和组织病理改变的统称。瘢痕过度生长,出现外形破坏及功能障碍就会给患者心理和生理上带来伤害。这其中较为严重的是增生性瘢痕和瘢痕疙瘩,它们统称为病理性瘢痕。对于病理性瘢痕特别是瘢痕疙瘩的病因及治疗目前并没有明确的解释和标准。瘢痕疙瘩以散发为主,但存在于各种族,且有种族差异并有遗传倾向。家族性发病虽然占比不高,但在研究瘢痕疙瘩的病因学中却有重要的意义。通过既往的遗传学研究发现了其在家族性发病中的遗传规律,并通过基因研究技术(如全基因组关联、基因芯片技术等)在瘢痕疙瘩患者不同人种、地区的群体中发现了众多的易感基因位点及相关基因(如:rs980504、rs1866744、P53、HLA、TGF-β系列、SMAD系列等等),并对他们的作用机制及表达产物进行了深入的研究。但由于瘢痕疙瘩病因的多样性和复杂性,关于瘢痕疙瘩的病因机制尚未完全阐明。在大量中国汉族的病理性瘢痕患者中,亦有学者研究并验证了部分易感基因位点的存在。但对汉族人群的基因变异位点进行检测并不多见。我们对临床工作中筛选的四例瘢痕疙瘩家系进行了全面的临床调查,并对其中一例家系进行了全基因组重测序,发现一些具有遗传特征的单核苷酸多态性位点及其他形式的基因变异。随后对这些变异位点在散发的瘢痕疙瘩及增生性瘢痕患者中进行了部分的验证工作,以期探索这些基因变异在瘢痕疙瘩形成过程中所起的作用。第一部分中国汉族瘢痕疙瘩家系的资料采集及遗传学分析目的:对四例中国汉族瘢痕疙瘩家系成员进行临床调查并分析其临床及遗传学特点。方法:收集中国汉族瘢痕疙瘩家系信息及临床资料,对141名调查家系成员,其中瘢痕疙瘩22人进行临床调查;绘制家系图谱,运用遗传学方法分析其遗传模式并总结家系内该病的临床特征。结果:四个汉族瘢痕疙瘩家系均为四代以上家系;三代发病家系3例与四代发病家系1例;家系内发病率20.6%,男性发病率18.3%,女性发病率23.4%,前胸部发病率40.9%;家系遗传模式符合常染色体显性遗传,伴外显不完全,总体不外显率12%。结论:这四个瘢痕疙瘩家系的遗传模式与其他报道相似,发病率无性别差异但有发病部位差异,家系调查有助于揭示瘢痕疙瘩的遗传学特点。第二部分瘢痕疙瘩家族血液样本的dna提取及全基因组重测序分析目的:应用全基因组重测序技术对一例瘢痕疙瘩家系成员进行dna测序,筛选致病基因的突变信息。方法:收集瘢痕疙瘩家系资料及临床信息,采集家系特定成员外周静脉血样5份,其中4例瘢痕疙瘩患者,1例正常人,提取其dna进行全基因组重测序并设计软件分析比对,筛选疾病相关序列突变及致病基因信息。结果:筛选出疾病相关的单核苷酸多态性27个,插入缺失变异9个,大结构变异2个,拷贝数变异15个,关联至51个基因,通过go注释和pathway分析筛选出19个与瘢痕疙瘩密切相关的基因。结论:本组家系系常染色体显性遗传伴外显不完全,通过全基因组重测序技术筛选出新的与瘢痕疙瘩疾病密切相关的基因,为瘢痕防治研究提供新的研究方向和目标。第三部分四个snps位点在中国汉族瘢痕疙瘩和增生性瘢痕人群中的检测和分析目的:通过对四个新发现的与家系瘢痕疙瘩相关的snps位点在瘢痕疙瘩及增生性瘢痕患者人群基因分型进行检测,验证snps对疾病的影响。方法:在全基因组重测序的基础上我们选择了四个snps作为目的位点。收集71例瘢痕疙瘩和50例增生性瘢痕患者外周血液样本,提取dna后运用pcr-massarray技术对snps的基因分型检测。.结果:在rs181924090(p=0.0075),rs183178644(p=0.0151)、rs151091483(p=0.0073)位点检测中瘢痕疙瘩与增生性瘢痕有显著差别,在rs141156594(p=0.7893)差别无统计学意义。结论:rs181924090(11p15.5,sirt3)、rs151091483(17p13.1,myh8),rs183178644(6p25.3,hus1b)是新的可能与瘢痕疙瘩(肿瘤特性)和增生性瘢痕(挛缩特性)相关的突变位点及基因。rs141156594(18q22.2,rttn)位点及其相应的基因表达异常可能与瘢痕早期的异常增生和创面修复过程相关。
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