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猪链球菌(Streptococcus suis)是一个重要的人兽共患病病原。猪链球菌MLST序列7型(ST7)菌株是引起1998年和2005年猪链球菌暴发疫情的菌株。既往研究中使用脉冲场凝胶电泳分析技术(PFGE),所有ST7型菌株的PFGE型别相同,因而需要建立一个更高区分能力的分型方法开展分子流行病学研究。本文建立了猪链球菌的多位点可变数目串联重复序列分析方法(Multiple-Locus Variable-number tandem-repeatAnalysis,MLVA)。利用Tandem Repeats Finder software(TRF)软件,通过比较和筛选4个猪链球菌全基因组中的串联重复位点,确定了9个指标用于MLVA分型。其中,8个位点(TR1～TR8)为中等多态性指标,第九个位点(TR9)为高变异度的指标。利用我们建立的MLVA分型方法,分析了199株猪链球菌,包括33个血清型参考菌株和166株血清2型菌株(154株中国菌株,12株其他国家菌株)。上述菌株可分为两大类(Cluster),85个MLVA型别。Cluster-Ⅰ包括34株菌,33个MLVA型别,Cluster-Ⅱ包含血清2型和血清14型、15型菌株,海外血清型2型菌株同中国菌株分属不同的MLVA型别。利用MLVA方法可以将167个血清2型菌株分为53个MLVA型,其中144个ST7菌株分为35个MLVA型,10个ST1菌株分为9个MLVA型别。利用我们建立的MLVA方法,对中国人感染猪链球菌暴发疫情进行分子流行病学分析。8株1998年江苏分离的ST7菌株分为5个MLVA型别,其中的四个型别在2005年四川菌株中也有分布,提示1998年和2005年的暴发疫情可能是同一个来源。另外2005年江西病人是由于搬运源于江苏的病死猪肉而感染,病人和猪肉中分离的菌株MLVA型别一致,说明2005年江西菌株来源于江苏,流行病学调查也证实了该来源关系。这些都说明我们建立的MLVA方法具有良好的流行病学相关性,可以对MLST和PFGE不能区分的菌株精细分型,可以用以调查感染来源和追踪感染途径。MLVA分型方法具有简便,信息数字化、易于标准化等特点。我们建立的MLVA方法,可以和MLST、PFGE方法一起用于猪链球菌监测和传染源、传播途径的调查。