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【目的】 1.用半导体测序技术对东莞地区的4种单基因遗传病(遗传性耳聋、地中海贫血、杜氏肌营养不良、脊髓性肌肉萎缩)进行测序检测,了解本地人群的基因突变热点和基因突变谱。 2.将半导体测序结果与常规筛查方法的结果进行比较,探讨半导体测序芯片在单基因遗传病检测上的有效性和可行性,以弥补常规筛查方法的不足和局限性。 3. 采用PCR+导流杂交法对葡萄糖-6-磷酸脱氢酶(G-6-PD)缺乏症进行筛查,以了解东莞地区G-6-PD缺乏症的发生率及基因型,并探讨PCR+导流杂交法用于G-6-PD缺乏症检测的有效性和可行性,弥补常规筛查方法的不足和局限。 【方法】 1. 收集2014年1月~2015年10月及2016年1月~2017年12月期间,在东莞市妇幼保健院就诊的耳聋初筛不通过新生儿干血斑样本、地中海贫血高危夫妇产前诊断DNA样本及遗传咨询门诊中随机采集的静脉血样本、经MLPA检测杜氏肌营养不良基因的DNA样本及脊髓性肌肉萎缩家系DNA样本,应用半导体测序芯片进行检测,应用统计软件SPSS 22.0进行卡方检验和一致性检验,对半导体测序技术作出评价。 2. 留取2016年11月3日~25日在东莞市妇幼保健院体检人群中经常规的G-6-PD表型检测(高铁血红蛋白实验筛查,改良G-6-PD比值法确诊)的静脉血样本,用PCR+导流杂交法进行检测,所得结果与改良G-6-PD比值法结果进行比较,评价PCR+导流杂交法在临床检测上的有效性及可行性。 【结果】 1. 共收集到听力初筛不通过新生儿干血斑样本1826例、地中海贫血高危夫妇产前诊断DNA样本200例及遗传咨询门诊就诊人群静脉血197例、已经MLPA检测杜氏肌营养不良基因的DNA样本48例及6个脊髓性肌肉萎缩家系共计19例DNA样本。 2. 对1826例听力初筛不通过新生儿进行了耳聋GJB2、GJB3、SLC26A4基因测序,共发现635人存在1~3个突变位点,检测阳性率为34.76%。最常见的突变基因为GJB2(31.93%),其次是SLC26A4(3.67%)和GJB3(0.49%)。最常见的突变位点为c.109G>A、c.235delC、IVS7-2A>G。 3. 在200例地中海贫血产前诊断样本中检测出188例(94%)基因异常,其中α-地贫基因突变约占62.00%,β-地贫基因突变约占32.00%。α-地贫最常见的缺失型和非缺失型突变分别是—SEA、Hb WS;β地贫最常见的突变类型是CD41-42(-CTTT),半导体测序技术与PCR法比较一致性较好(Kappa=1)。在197例遗传咨询人群样本中,半导体测序除检测出PCR所能检测的所有突变外,还发现了其余6个罕见突变,两种方法一致性较好(Kappa=0.86)。 4. 48例杜氏肌营养不良样本经半导体测序,发现有46例存在Dystrophin基因突变。缺失突变检出率为62.50%,重复突变检出率为33.33%。缺失与重复突变都以小片段突变为主,分别占82.76%、 85.71%,缺失突变的热点区域为第44~55外显子,内含子44是5’端最常涉及的起始断裂点。半导体测序与MLPA一致性较好(Kappa=1)。 5. 在6个脊髓性肌肉萎缩家系中,除一个家系的先证者为SMN1基因第7外显子纯合缺失,其余家系先证者均是7、8号外显子纯合缺失,父母均是相应外显子杂合缺失携带者。家系D5中母亲做产前诊断显示胎儿为7、8号外显子纯合缺失。半导体测序与MLPA一致性较好(Kappa=1)。 6. 所收集的1005例体检人群样本,用改良G-6-PD比值法检出G-6-PD酶缺乏样本28例,检出率为2.79%;其中男性检出率为5.51%(22/399),女性检出率为0.99%(6/606);男性检出率显著高于女性(P<0.05)。 7. 1005例样本经PCR+导流杂交法检测,共发现210例样本存在突变,约占20.90%(210/1005),其中男性62例,女性148例。最常见的致病突变位点为1376G>T,1388G>A,95A>G;1311C>T在本地携带率为14.73%,但并未发现由其单独突变造成的酶活性异常。 8. PCR+导流杂交法检测与改良比值法一致性较差(Kappa=0.187);若不计1311C>T单位点突变,男性中PCR+导流杂交法检测与比值法经Kappa检验一致性较好(Kappa=0.952),女性中较差(Kappa=0.196)。 【结论】 1.半导体测序芯片作为一种比较全面的检测方法,一次可以同时检测 17 种单基因遗传病,涵盖了疾病90%以上的致病基因,此次实验将其应用在新生儿筛查、病例诊断、产前诊断等多种类型的样本上,表现出了检测范围广、准确性高、通量高、耗时短等优点,能取代现有的单基因病检测方法,具有很高的临床适用性,对降低出生缺陷有重要价值。 2. PCR+导流杂交法能同时检测13个位点,覆盖了90%以上的中国人群常见突变类型,且方便扩容。改良G-6-PD比值法对女性有较多漏检,但在男性半合子中有较高的检出率。PCR+导流杂交法能取代现有的常规检测技术,大大提高阳性诊断率,操作简便、高度自动化,检测耗时短,无需使用昂贵的仪器,值得向临床推广。