本研究通过收集浙江省内(10个)和省外(9个)益母草的种子在丽水进行种植,观测益母草生长状况及花蕾期水苏碱含量的测定,进行综合评价,筛选适于浙西南山区生长条件的优质益母草种源。同时利用分子标记技术从分子水平上研究益母草遗传背景和亲缘关系,揭示其遗传基础与规律,为益母草资源的进一步开发利用和良种选育奠定理论基础。研究结果表明:1.不同种源地益母草种质资源之间存在较大差异,具有明显的表型的多样性。来自丽水莲都的益母草种子质量最高,而来自甘肃陇西的益母草种子质量最差。表明益母草种质资源表型特征变异与其广泛的地理分布密切相关。2.不同种源地益母草种在丽水的物候表现相差较大,来自浙江定海、兰溪、义乌、上虞、诸暨、武义、莲都、江西南昌、云南昆明的益母草物候期较为一致。这与种源地的地理位置、气候及水土条件的不同造成种子的生态区域适应性存在较大差异有关。说明益母草种质资源特性与其广泛的地理分布、生态适应密切相关。3.不同种源地益母草花蕾期的株高存在较大差异,来自浙江莲都的益母草的株高最高,其次为来自浙江兰溪的益母草。不同种源地益母草盛花期花序长度差异极显著。4.不同种源地的益母草水苏碱含量差异均达到极显著水平。从药材质量的角度考虑,浙西南山区种植益母草应优先考虑以浙江莲都、浙江武义(柳城)、浙江兰溪、浙江义乌、浙江武义(麻济)几个种源地。5.ISSR标记对19个种源的益母草进行遗传多样性分析,结果将19个种源全部区分开,归成三大类,与益母草形态特征与性状存在显著的相关性,说明通过ISSR标记对益母草种质资源种源的划分和其形态划分是一致性的。