【摘 要】
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目的:本研究通过对公共数据库TCGA(The Cancer Genome Atlas)的高通量数据——结肠癌m-RNA表达谱芯片进行生物信息学分析,探索结肠癌导致的基因表达水平改变,对癌组织与癌旁组织的差异表达基因进行共表达网络分析,并估计结肠癌患者的生存期,为探索结肠癌的分子机制和预后分析提供基础科学依据。方法:在公开阅览的TCGA网站(http://cancer genome.nih.gov/
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目的:本研究通过对公共数据库TCGA(The Cancer Genome Atlas)的高通量数据——结肠癌m-RNA表达谱芯片进行生物信息学分析,探索结肠癌导致的基因表达水平改变,对癌组织与癌旁组织的差异表达基因进行共表达网络分析,并估计结肠癌患者的生存期,为探索结肠癌的分子机制和预后分析提供基础科学依据。方法:在公开阅览的TCGA网站(http://cancer genome.nih.gov/)下载大肠癌基因表达谱数据集,包括:(1)32例结肠癌(结肠癌组)和32例癌旁组织(癌旁组)的mRNA测序数据3级(原计数和期望最大化(RSEM)归一化RNA-seq读取计数);(2)507例结肠癌患者的m-RNA以及临床信息。经合并、整合后利用R软件质控后对32对结肠癌组和癌旁组的20531个基因进行m-RNA差异表达分析以及差异表达基因的热图制作,对差异表达基因进行共表达网络分析,对507例结肠癌患者进行生存分析。结果:在结肠癌数据集中32对结肠癌组和癌旁组的20531个基因中筛选出结肠癌中2939个基因有显著的表达差异,其中上调基因1533个,下调基因1406个。对2939个差异表达基因进行WGCNA分析,最终得到10个共表达基因模块。对507例结肠癌患者估计中位生存期为7.57年,95%置信区间为(3.93,9.62)年。结论:本研究通过对公开数据库TCGA的初步挖掘,发现结肠癌的差异表达基因以及寻找结肠癌差异表达基因共表达的模块,可以对结肠癌基因组学相关研究提供经验与参考。
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