与DNA硫修饰相关的DndB蛋白的表达纯化和结晶

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DNA硫修饰是近年来发现的一种广泛存在于原核生物中的新的DNA修饰现象,研究发现DNA硫修饰是由5个基因决定的,分别是dndA、dndB、dndC、dndD、dndE,这5个基因位于一个基因簇上,分别编码5种对应的蛋白质:DndA,DndB,Dnd C,DndD,Dnd E。本研究主要探讨了DndB的纯化结晶、不同片段构建以及DndA和DndE的纯化工作。Salmonella enterica serovar Cerro 87中的DndB蛋白(Salm-DndB)拥有361个氨基酸残基,相对分子质量约为41kDa,研究表明DndB蛋白和一些转录调节因子具有序列相似性,似乎可以和DNA结合来决定修饰位点的特异性。本研究重点表达纯化了Salm-DndB蛋白,获得了纯度足够高的Salm-DndB蛋白,尝试对其进行了结晶,并且如愿获得了Salm-Dnd B蛋白的晶体,但是晶体是针状晶体,晶体质量不好,不可以进行X-Ray衍射。Salm-DndB蛋白的晶体经过优化之后,其形状和大小都得到改善,但是还是没有得到可以衍射的晶体。后来研究中发现Salm-Dnd B蛋白的晶体发生了降解,最终会降解成2个独立稳定的条带,蛋白质质谱分析以及N端测序确定大的降解条带是172-361,小的降解条带没能确定氨基酸序列,用1-171来取代,于是构建了Salm-DndB 1-171以及172-361的表达载体,但是最后没有得到可以表达的蛋白质。同时,本研究根据Salm-DndB FoldIndex蛋白质折叠性预测构建了Salm-Dnd B 1-312和Salm-DndB 108-361蛋白片段的表达载体,根据蛋白序列保守性构建了Salm-Dnd B 54-361蛋白片段的表达载体,最终Salm-Dnd B 54-361蛋白片段没有得到可溶性的表达;Salm-Dnd B 108-361蛋白片段获得了少量的表达。另外,对于DndA蛋白,本研究纯化了Streptomyces lividans 66中的Strep-DndA蛋白,获得了高纯度的蛋白用于后续研究;对于DndE蛋白,本研究表达纯化了E.coli B7A中的B7A-DndE蛋白,蛋白经过分子筛纯化后纯度很高,但是均一性比较差。
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