20世纪以来，科学发展的综合化、社会问题的复杂化发展趋势，使得跨学科研究已然成了社会各界关注的重要议题。尤其，高等学校学科门类齐全，各类人才荟萃，跨学科研究有条件取得突破性成就。事实上，高等学校已成为开展跨学科研究的重要基地，跨学科研究也已成为高等学校增强竞争力的有效途径之一。高等学校作为知识生产、传播和应用的重要基地，如何发挥其在创新型国家建设战略中的重要作用和地位，成为当前面临的重要问题。本文要解决的核心问题是如何对高校跨学科研究组织进行管理创新，以便更好地整合内部资源，开展跨学科研究，提升高校的科技自主创新能力，更好的发挥高等学校在国家创新体系中的作用。本文从跨学科研究的理论和实践出发，通过系统考察跨学科、跨学科研究和跨学科研究组织的概念，高校开展跨学科研究的主要组织形式及其特征，以及对高等学校跨学科研究组织的运行实践的分析，揭示出我国高校跨学科研究组织在管理中存在的主要障碍。通过对国外高校跨学科研究组织的运行管理现状的考察，总结了国外高校成功开展跨学科研究活动的经验。在分析问题和总结经验的基础上，为解决目前我国高校跨学科研究组织在实践运行和管理中存在的问题，本文主要从明确跨学科研究组织的建设目标和原则、推进跨学科研究组织结构的创新、建立跨学科研究组织的管理体制、健全跨学科研究组织的运行机制、完善跨学科研究组织的管理制度等方面，构建跨学科研究组织的管理体系，制定促进跨学科研究组织有效管理的相关策略。