出入境船舶检疫执法工作是检验检疫机构为防止公共卫生风险通过海上交通工具从国外传入或从国内传出而履行职责的重要组成部分。根据党的十八届三中全会明确提出的必须切实转变政府职能，深化行政体制改革，创新行政管理方式，增强政府公信力和执行力，政府部门应向法治型和服务型转变，全方位正确履行政府职能等关于政府职能转型的相关要求。本文以上海口岸船舶检疫执法工作为例，对上海口岸船舶检疫概况做了系统梳理，在国际航运贸易量和交通便利化程度增加，输入性公共卫生风险可能性加大的客观环境下，运用新公共管理基础知识，对船舶检疫执法工作中法律法规修订、人力资源管理、绩效考核、信息化运用、检疫方式选择、外委托管理等方面存在的问题进行了深入的分析，这些导致当前船舶检疫执法工作质量和效率不高，对船舶、码头、代理企业等负担较重，不符合检验检疫机构政府职能转型，服务社会，防范检疫风险的要求，且在一定程度上阻碍了交通和贸易的便利化。因此，本文将相关公共管理理论与船舶检疫执法实践结合，对船舶检疫工作中存在的法律法规修订更新不及时、责任落实不到位，人力资源管理效率不高，绩效考核脱离实际，信息化程度有待提高，检疫方式选择合理化科学化，进一步完善外委托管理等问题提出改进建议和措施，为今后船舶检疫执法工作的改革提供借鉴。　　本文主要分为四个部分：第一部分介绍了课题研究的背景、目的、意义和当前研究现状。第二部分介绍了相关公共管理理论在船舶检疫工作中的应用。第三部分以上海口岸为例，分析当前船舶检疫工作中存在的问题及原因。第四部分将公共管理相关理论与船舶检疫工作实践相结合，探讨改进的方法和建议。