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本文对数学算法在企业资源规划二次开发中的应用进行了研究。文章把计算上的需求和数学上模型结合起来进行了阐述，其中的笛卡尔乘积在处理数据的上有很深的指导和应用意义，同时在处理算法时，把系统的需求转化成分析文档，同时应用数学算法思想来优化数学与计算机的关系，在二叉树的处理上加以详细的公式推导来说明数学对于设计程序算法具有很强的指导意义，应用这二者可以很好地处理有关计算机数据库的优化操作，同时借用二叉树的理论可以很好地设计计算机算法，从而达到深刻理解数学算法与计算机理论的目的，进而把计算机与数学算法结合的理论用来指导ERP二次开发工作。