在起源于中世纪大学的西方高等学校发展历史和我国现代高等学校发展进程中，高等学校内部领导体制在不同时期、不同历史条件、不同社会环境中有不同的变化。目前，我国高校领导体制为党委领导下的校长负责制，但院系级领导体制并不确定，在现实操作过程中较为混乱。随着高等教育的发展和时代的要求，我国高等学校正由以校为基础的管理体制向校、院（系）两级管理体制过渡，院系的人、财、物权利逐步扩大，管理重心下移已成必然，高校中间层次即高校院系一级权力机制的确立和运行是现代高校制度创新的重点和难点。这其中主要集中了院系党组织与行政班子、学术权力与行政权力两个方面的矛盾。　　高校院系首先是高校行政基层管理组织，其行政属性是决定其领导体制的关键因素。在长期以来院系级领导体制的沿革中，领导体制的变换集中在高校院系中党的基层组织和行政班子的关系及权力分配上。总的趋势是一方面要重视发挥党组织的政治核心作用，充分贯彻1996年4月中共中央《中国共产党普通高等学校基层组织工作条例》中的具体规定;另一方面党政职责明确，既分工又合作，共同贯彻落实校党委和校行政的决定，在领导机构、决策制度、运行机制、工作作风等几方面实现党政权力的高度整合。　　由于高校院系作为学术组织的专业化和学术性，必须在高校院系中加强学术组织的决策和管理权限，强化学术权力。通过对高校院系中学术系统和学术权力现状的研究，可以看出高校中学术系统和学术管理机构已相对完善，学术权力对高校尤其是高校院系决策和管理的介入是顺理成章之事。少数高校在院系一级实行“教授治学（校）”模式的尝试为我们的研究拓宽了思路和眼界。但因为学术权力与行政权力的错位、学术权力“行政化”和“弱化”、学术组织和学术管理机构的非正常化等原因，学术权力的行使、应用和强化上还存在不尽如人意的状况。　　综合高校院系中存在二元权力的现状，在构建高校院系级领导体制时，必须兼顾这两方面的权力。要以辩证的观点看待高等学校院系级领导体制的构建，改变行政权力为主导的模式、突破二级管理单纯学术性组织的局限性，以行政权力和学术权力的耦合为基本原则构建高校院系领导体制，建立二元权力决策模式。由于不同层次的高校，学术组织、学术性事务和学术权力的状况表现不尽相同，为达到根据不同情况切实规范行政权力、加强学术权力的目的，可将高校分为四类，对不同类别的高校从领导机构的设置、分工及决策活动方式等方面构建相应的模型。