瘢痕疙瘩环状RNA表达谱及circ0008259功能和作用机制初步研究

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目的:研究瘢痕疙瘩中circRNA的表达谱并分析其在瘢痕疙瘩中的作用机制。方法:1、胶原酶消化法分离瘢痕疙瘩及正常皮肤原代真皮成纤维细胞。2、高通量RNA测序技术和生物信息学研究环状RNA(circular RNAs,circRNAs)在3例瘢痕疙瘩真皮成纤维细胞(keloid dermal fibroblasts,KDFs)和3例正常人真皮成纤维细胞(normal dermal fibroblasts,NDFs)中的表达谱。3、逆转录PCR(reverse transcription PCR,RT-PCR),实时定量PCR(quantitative real-time-PCR,qRT-PCR)和Sanger测序验证差异表达的circRNA。4、生物信息学工具构建circRNA-微小RNA(microRNA,miRNA)-mRNA相互作用网络。5、慢病毒转染、qRT-PCR和western blot验证circ0008259在KDFs中的功能。结果:1、共有411个差异表达的circRNA,其中206个上调,而205个下调,并且可以与2532个miRNA反应元件(miRNA response elements,MRE)结合。GO和KEGG途径的富集分析表明,差异表达的circRNAs主要参与细胞凋亡,黏着斑激酶,PI3K-Akt和代谢途径,并可能调节瘢痕疙瘩的发生和发展。2、RT-PCR、Sanger测序在12例KDFs和12例NDFs中证实选择的circRNA(circ0002198,circ0005320,circ0008259,circ0000994,circ0005480,circ0047270,circ0000375)均已成环。两种候选circRNA(circ0008259,circ0005480)在KDFs中显著减少,一种候选circRNA(circ0002198)显着升高。3、过表达circ0008259抑制了KDFs中I型和Ⅲ型胶原的表达。结论:1、瘢痕疙瘩中存在大量差异表达的circRNAs,生物信息分析发现差异表达的circRNA可能参与了瘢痕疙瘩的发生发展。2、circ0008259可能在瘢痕疙瘩胶原形成过程中可能发挥了一个抑制作用。
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