当今世界，企业是整个经济制度乃至整个社会制度的基石。二十世纪九十年代以来，特别是亚洲金融危机爆发以后，伴随着一些著名大公司的相继倒闭和经济全球化步伐的加快，现代公司治理问题已经成为一个世界范围内的研究和实践课题，甚至形成了一场规模盛大的公司治理原则运动。与此同时，随着中国证券市场的诞生和发展，一部分上市公司大量损害债权人和中小股东利益的违规行为亦相伴而生，并且愈演愈烈，因此，如何规范上市公司行为、提升公司治理水平，也成为中国需要面对的重大课题。 本文以四川托普软件投资股份有限公司(托普软件)为研究对象，基于公司治理结构和新制度经济学的视角，对托普软件为关联方提供巨额违规担保以及向关联方无偿拆借巨额资金这些违规行为背后的公司治理缺陷进行分析，提出研究结论以及改进我国公司治理机制的相应政策建议。本文的创新之处在于，从公司治理结构和新制度经济学的角度分析我国上市公司近年来这两种主要违规行为产生的背景，探讨上市公司巨额违规担保和关联方资金占用及由此形成的上市公司巨额非经营性亏损产生的深层次原因。 本文的结论有：1、托普软件的实际控制人(关键人)权力过于集中，使得公司内部治理机制的安排形同虚设，内部控制失效，这种情况在我国上市公司中具有一定的普遍意义。2、制度的缺失导致监管乏力，会使同类违规行为在一定时期迅速蔓延，制度建设刻不容缓。3、银行作为主要的外部利益相关者相互之间由于竞争而产生的“信息壁垒”使上市公司超过本身负担能力的巨额违规担保不能被及时发现，损失了信贷资金，积累了金融风险。