随着我国的海水养殖的发展，种质资源出现一定程度的退化，因此亟需培育出优良品种，提高养殖种类的抗病能力。本论文以牡蛎为研究对象，通过对其进行数量性状以及分子水平上进行探讨，为水产养殖、遗传育种提供一定的科学依据。本论文包括三部分，第一部分利用线粒体16SrRNA和COI基因序列测定技术对钦州湾牡蛎进行种类鉴定；第二部分利用相关分析、回归检测等生物统计手段，分析了牡蛎数量性状之间的相关关系；第三部分利用COI基因序列测定技术对北海、钦州湾、湛江官渡、镇海湾、珠海三虎五个香港牡蛎群体的遗传多样性进行研究。主要结论如下： 1．通过PCR扩增得到了钦州湾采集的4种外壳形态的牡蛎(马蹄蚝、牛耳蚝、菊花蚝、竹叶蚝)75个个体的16SrRNA和COI基因序列，通过序列测序和碱基相应长度的处理得到了434bp长度的16SrRNA基因片段和574bp长度的COl基因片段。75个个体的16SrRNA片段得到了3种单倍型，分别为单倍型Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ，检测到15个多态位点；75个个体的COI片段得到了8种单倍型，分别为单倍型A、B、C、D、E、F、G、H，检测到75个多态位点。用MEGA3.1软件分别与Genebarlk中已有的基因序列进行比较，构建邻位相连法(NJ)与算术平均非加权配组法(UPGMA)系统进化树，分析两个基因片段得到的结果一致，所有个体共分为香港牡蛎(C.hongkongensis)和有明牡蛎(C. ariakensis)两大支。 2．采集4批成熟牡蛎个体，分别对其体高、体长、体宽、总重、软体重进行测定并计算它们之间的相关系数、通径系数和建立多元回归方程分析发现，样品Ⅰ、Ⅲ、Ⅳ批的结果表现一致，体高与软体重的直接相关性最大，其次为体宽，体长表现为最小，体长主要是通过体高和体宽间接影响软体重。但样品Ⅱ批结果为体长与软体重的直接相关性最大，其次为体高、最小为体宽。因此由Ⅰ、Ⅲ、Ⅳ批建立多元回归方程为：Y=-16.935+0.26X<,(H)>+0.244X<,(W)>，为牡蛎选种提供了理论依据依据和测量指标。 3．通过PCR扩增得到了北海、钦州湾、官渡、镇海湾、三虎五个群体香港牡蛎(C.hongkongensis)的COI基因序列片段，通过序列检测和碱基相应长度处理得到565bp长度的序列片段，五个群体159个个体共得到18种单倍型，检测到16个多态位点。经过遗传多样性参数比较，发现珠海三虎群体的遗传多样性最为明显，其次为镇海湾群体、北海群体、官渡群体，最后为钦州湾群体。由群体遗传变异固定指数(Fst)及有效迁移率(Nem)计算表明，镇海湾和三虎两群体之间的遗传距离最小，Fst仅为0.00245，经显著性检验表现为不显著，遗传距离最大的为镇海湾和钦州湾群体，Fst为0.094，经显著性检验表现为极显著。经分子变异分析(AMOVA)得到湛江官渡群体与广西北海、钦州湾群体的遗传距离较近，而与镇海湾及珠海三虎群体的遗传距离较远。