2004年港口体制改革后，我国港口下放地方城市管理，充分调动了地方城市发展港口的积极性。珠三角地区外向型经济发达，庞大的集装箱航运量使集装箱港口成为本地区沿海城市竞相发展的重点。随着珠三角产业结构加快调整，集装箱港口作为沿海城市发展临港工业、现代服务业的重要支撑，进一步成为港口城市间博弈的焦点。多年来，香港、深圳、广州等港口城市激烈争夺珠三角集装箱运输市场。除港口建设以外，各级政府制订的港口政策也逐渐成为影响集装箱港口发展的重要因素之一。同时，在“一国两制”方针下，“香港因素”也成为影响珠三角内地发展集装箱运输的关键因素。　　 通过博弈模型分析，珠三角集装箱港口间竞争类似于“囚犯悖论”，在缺乏区域协调的情况下，港口间难以共赢发展。近年来，集装箱港口间已开始由单纯竞争逐步向竞争合作演变。受国际金融危机和产业结构调整的影响，珠三角集装箱港口间重复建设、恶性竞争的隐患有所显现，因此加强港口间竞争合作，推动港口群统筹协调，是促进珠三角集装箱运输系统优化发展的重要手段。　　 珠三角集装箱港口市场有别于环渤海、长三角等其他国内区域，其市场化程度较高，通过长期市场竞争，国外港口企业和国内外航运企业在本地区集装箱码头的投资经营中占据了主导地位，地方国有港口企业相对弱势，地方政府对集装箱港口资源进行直接整合的能力有限。香港港口企业是珠三角集装箱航运发展的引领者，也是香港国际航运中心和珠三角集装箱运输系统的重要构建者，但在市场运作中，企业逐利的经营本质与政府整合港口资源的行政管理目标存在差异。为降低物流成本、加快区域经济升级发展，逐步整合珠三角集装箱港口资源、对市场运营进行合理规制，将成为政府部门的管理目标。通过对市场环境、政策环境和政治因素的分析，整合珠三角集装箱港口资源应综合运用资本手段和行政手段。建立良好的港口发展软环境，加强对地方国有港口企业的扶持，应成为各级政府部门引导珠三角集装箱港口市场优化发展的重点。