【摘 要】
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大肠杆菌是自然界广泛存在的条件致病菌,近年来由于抗生素的滥用导致养殖场大肠杆菌的耐药性不断增强,尤其是多重耐药大肠杆菌的出现,不仅给养殖业造成了巨大的经济损失,同时也给公共卫生安全造成巨大威胁。基因测序技术的发展使微生物全基因测序更加便利,随着测序成本的降低以及测序精度的提高为细菌耐药性研究提供了便捷的工具。以Ion Torrent测序平台为代表的第二代高通量测序技术具有操作简便、用时少、结果准确
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大肠杆菌是自然界广泛存在的条件致病菌,近年来由于抗生素的滥用导致养殖场大肠杆菌的耐药性不断增强,尤其是多重耐药大肠杆菌的出现,不仅给养殖业造成了巨大的经济损失,同时也给公共卫生安全造成巨大威胁。基因测序技术的发展使微生物全基因测序更加便利,随着测序成本的降低以及测序精度的提高为细菌耐药性研究提供了便捷的工具。以Ion Torrent测序平台为代表的第二代高通量测序技术具有操作简便、用时少、结果准确等特点,已广泛的应用于遗传疾病、癌症、生殖健康、人类身份鉴定及传染病的研究,特别是微生物的深度全基因组测序已成为发现SNP、插入、缺失、倒置和复杂重组等各种基因变异的终极工具,适用于细菌的鉴别和发现及对特定细菌分型和功能分析,在细菌耐药性研究方面显示出广阔的应用前景。本研究运用OptiRead微生物鉴定及药敏分析系统对多重耐药大肠杆菌JL05进行了药敏试验,结果显示JL05对β-内酰胺、头孢菌素、氨基糖苷、抗叶酸、喹诺酮、大环内酯、四环素、苯丙醇类、硝基呋喃类等9类15种抗生素均有耐药性,仅对磺胺异恶唑表现为中介,对呋喃妥因表现为敏感。经提取的JL05全基因组经文库构建后在Ion Torrent测序平台进行了全基因测序,测序数据经预处理、拼接、对比及组装后获得了JL05的全基因图谱。通过GO、KEGG、PATRIC、VFDB、CARD等网络数据库的注释及比对,对JL05的基因特征进行了分析,在完成基因功能分类及代谢通路分析的基础上,预测到6类20种72个毒力基因,发现了 4类67种耐药基因,不仅证实了JL05耐药表型和基因型基本一致,还为进一步研究JL05耐药机制提供了科学依据。
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