随着我国综合国力和国际地位的不断提升，我国政府相继组织并实施了载人航天、探月工程等一系列复杂重大科技工程，力图依靠科技创新引领经济发展和社会进步。复杂重大科技工程作为一个跨学科、跨领域的复杂巨系统，不仅需要集成大量的科技创新资源，更需要众多参与主体的通力合作，计划经济体制下“集中力量办大事”的传统组织模式虽已取得了显著性成就，但存在资源消耗巨大、缺乏相互沟通、创新效率不高等问题，造成创新主体积极性不高、缺乏自主创新的主动意识，迫切需要健全技术创新市场导向机制。基于这种背景，由多元主体共建协同创新联盟，以一种市场化的形式汇聚全社会建设创新型国家的强大合力，现已成为开展复杂重大科技工程技术创新活动的新模式，也是我国社会经济发展的必然趋势。然而，依托国家重大战略需求的协同创新合作等相关问题的研究尚处于起步和探索阶段，可供借鉴的案例与经验并不鲜见，也缺乏系统的理论支撑。因此，以复杂重大科技工程这一体现国家意志的重大战略举措为导向，系统地设计和构建协同创新联盟的管理模式和机制，提高联盟合作的创新效率，成为当前亟待解决的关键问题，具有重要的学术价值和理论意义。本文在借鉴国内外相关研究的基础上，从联盟整体的角度探讨如何通过构建一套行之有效的管理机制，促进不同主体间的协同合作，最终实现工程整体目标。全文基于生命周期理论的框架，围绕“构建联盟体系——汇集创新合力——掌控实施进程——分享创新成果”这一线条展开，综合运用多种分析方法，着重研究一项具体任务在不同阶段最为关键性的联盟管理问题，即从组织构建、资源集成、绩效评价和收益分配这几个方面进行研究，实现了定性分析与定量分析、理论研究与实证研究的交叉融合。论文主要研究内容如下：第一，论文从建立合作模式、联盟成员选择和强化关系纽带三个方面，对协同创新联盟初期的组织构建工作进行了探讨。其中，创新性地提出了一个“N+X”的协同创新联盟动态组织模式，从总体的高度把握联盟整体实施运转情况，突出联盟主要参与组织的核心地位，确保联盟指令和决策的统一有序性。在此基础上，探索性地构建了一套指标权重具有影响因素的协同创新联盟成员选择评价体系，综合考虑不同组建动因下的指标权重赋值差异，避免了指标权重设置的主观性，并采用ITFN和TOPSIS相结合的方法进行成员选择评价。实证研究结果证明了该方法的有效性和可行性，为协同创新联盟的成员选择问题提供了新的思路和参考。第二，综合运用集成理论和演化博弈理论，从成员内生动力的角度分析了资源集成过程中的合作博弈行为，并构建了基于契约约束下的合作博弈模型，确保博弈朝着共同合作的方向发展，促使联盟成员采取积极的态度进行资源集成。在此基础上，提出基于云计算技术设计协同创新联盟资源集成平台，运用现代化信息技术集成大量分布的、异构的创新资源，形成物理分散、逻辑统一的资源汇集池，这不仅能够降低联盟内部共享信息系统建设和维护成本，还可以有效促进我国科技资源的高效配置和综合集成，为协同创新活动提供技术支持。第三，以联盟整体作为考评对象，对传统平衡计分卡进行改进，构建了一套符合协同创新联盟一般性特征的绩效评价体系，并采用RS理论与改进BP神经网络算法相结合的评价方法。考虑到并非所有的评价指标都能在每个阶段真实反映联盟绩效，运用RS理论剔除对评价结果没有贡献的冗余指标，并在BP神经网络中运用PSO算法取代传统的梯度下降法。通过实践验证，该算法具有较小的泛化误差和较好的分类能力，能够提高神经网络学习速度，缩短训练时间，有效进行绩效评价。该部分研究不仅是对协同创新联盟绩效评价体系与方法的一次积极探索，也是对现有绩效评价方法的一个有益补充。第四，构建了包含存量资源投入、风险承担和协同创新贡献三个影响因子的Shapley值分配模型，提出了一套基本收益与奖金相结合的协同创新联盟合作收益分配方案。在基本收益分配过程中，考虑到个体成员存量资源投入程度和风险承担水平这两个方面；而协同创新贡献因子则作为奖金收益的分配依据，确保每个成员都能从协同创新活动中受益，同时鼓励了创新行为的产生，该算法弥补了前人研究中的方法缺陷，为解决协同创新收益分配问题提供了理论依据。最后，针对面向我国载人航天工程的某个协同创新联盟进行实证研究，验证了论文的研究工作。