目的：了解乙肝病毒基因型、变异位点1762/1764和1896、AFP与肝细胞癌的关系,进一步探讨肝癌的发病机理,为肝癌的防治及早期诊断提供理论依据。方法：采用核酸扩增荧光定量及测序法检测正常人、慢性HBV携带者、慢性乙型肝炎、乙肝肝硬化和乙肝合并肝癌患者共80例血清标本的病毒基因型及变异,在自动基因分析仪上进行测序,用定量法及Chromas程序对结果进行判断；采用荧光定量-聚合酶链反应(FQ-PCR)法检测]HBV DNA定量；采用免疫组织化学方法检测上述5组肝组织中AFP的表达情况,用半定量积分法进行结果判断；采用酶联免疫吸附试验(ELISA)检测HBV血清抗原抗体标志物。所有的数据均采用SPSS17.0统计软件包对检测数据进行统计学处理。结果：1、在78例慢性HBV感染者中基因型B型为31例,占39.7%(31/78),基因型C型为47例,占60.3%(47/78),本研究未发现A, D、 E、 F、 G、H型。提示云南地区HBV基因型以C型为主。基因C型在ASC、CHB、 LC、 HCC四组中所占比例分别为42.9%(6/14),50.0%(15/30),64.3%(9/14),85.0%(17/20),差异有统计学意义(χ2=8.296,p=0.04)。在LC组和HCC组,C基因型比例占绝大多数,但两者基因型分布差异无统计学意义(p=0.161),将二者合并(26/34)与CHB组、ASC组合并(21/44)相比较,差异有统计学意义(χ2=6.62,p=0.01)提示LC、HCC两组中C基因型所占比例高于CHB、 ASC两组。2、在78例慢性HBV感染者中,共有51例发生BCP变异,44例发生PC变异。在ASC、 CHB、 LC、 HCC四组中,基因C型HBV感染者发生BCP变异的病例数所占比例分别为50.0%(3/6),86.7%(13/15),88.9%(8/9),94.1%(16/17),发生PC变异的病例数所占比例分别为33.3%(2/6),80.0%(12/15),88.9%(8/9),88.2%(15/17),两种变异均多于基因B型感染者,且除ASC组外,差异均有统计学意义(p<0.05)。3、AFP的表达,以HCC组最高(阳性率80.0%),其次是LC组(71.4%)、CHB组(56.7%)、ASC组(35.7%),组间比较差异有统计学意义(p<0.05)。将HCC、 LC组相加(76.5%)与ASC、 CHB组相加(50.0%)后比较发现,AFP在二者中的表达差异有统计学意义(p<0.05),且AFP在HCC组、LC组病例中强阳性表达多于CHB组和ASC组。4、 ASC.、CHB、 LC和HCC组基因C型HBV感染者AFP的阳性表达率分别为83.3%(5/6),80.0%(12/15),88.9%(8/9),94.1%(1617),均大于基因B型感染者AFP的阳性表达率,即12.5%(1/8),20.0%(3/15),20.0%(1/5),0%(0/3),差异有统计学意义(p<0.05)。各组中,AFP阳性表达的HBV感染者BCP变异阳性的比例分别为62.5%,73.7%,77.8%,85.7%,均高于BCP非变异者所占比例,发生PC变异阳性的比例分别为50.0%,68.4%,66.7%,78.6%,除ASC组外均高于PC非变异者所占比例,但差异无统计学意义(P>0.05)。结论：1、本研究慢性HBV感染者(包括慢性乙肝病毒携带者、慢性乙型肝炎、乙肝肝硬化和乙肝合并肝癌)基因型有B型和C型,以C型为主,未发现其它基因型。慢性HBV感染者基因型与临床疾病谱有关,C基因型与较为严重的疾病(乙肝肝硬化和乙肝合并肝癌)有关。2、各组中基因C型的BCP、 PC变异多于基因B型。3、AFP的表达,以HCC组最高,其次是LC组、CHB组和ASC组。而且HCC、LC两组AFP强阳性表达的病例数明显多于CHB、 ASC两组。4、各组中,基因C型的AFP表达阳性率明显大于基因B型,并且AFP表达阳性的慢性HBV感染者发生BCP、 PC变异明显。但AFP的表达与C基因型、BCP以及PC变异是否有关尚未见相关报道,待扩大病例数进一步研究证实。5、HBV基因C型、BCP和PC变异、AFP与HCC的发生发展有关系,但三者在HCC发生发展过程中是否有协同关系,是否与疾病进展有关,及促进HCC的发生的具体机制还有待于扩大病例数和研究范围深入研究。